Nel 1159 alla pieve di Malcesine venne confermata la giurisdizione sulle chiese di San Zeno di Brenzone, di Sant'Angelo e dei Santi Simone, Giuda e Giovanni Evangelista[2]. Nel 1313 il vescovo di Verona Teobaldo III fece mettere i corpi dei due suddetti Santi in una nuova urna in pietra e la chiesa subì un intervento di restauro per volere dello stesso vescovo[1][2]. Nel 1514 vennero istituite le confraternite dei santi Benigno e Caro e del Santissimo Sacramento[2]. Il 16 ottobre 1562papa Pio IV concesse ai frati Olivetani di Santa Maria in Organo di fondare un monastero annesso alla pieve e di essere preposti alla cura d'anime[1]. Dalla relazione della visita pastorale del 1567 del vescovo Agostino Valier s'apprende che nella pieve erano collocati sette altari[2]. Nel 1624 la chiesa venne dotata di un nuovo fonte battesimale per interessamento del vicario Federico Carlotti[2]. Nel 1729 gli abitanti del borgo ottennero dall'abate di Santa Maria in Organo il permesso di demolire l'antica pieve e a riedifcarla[1]; in quello stesso anno fu posta la prima pietra della nuova parrocchiale[1]. I lavori terminarono nel 1739[1]. Il 7 marzo del 1759 i frati Olivetani se ne andarono da Malcesine a seguito di un provvedimento preso dalla Serenissima Repubblica di Venezia l'anno precedente e lasciarono il posto al clero diocesano[1]; qualche mese dopo, il 12 settembre, la pieve venne consacrata[1]. Tra il 1869 e il 1882 la facciata fu rifatta[1][2] e nel 1913 l'interno della pieve venne decorato[1]. La chiesa di ristrutturata tra il 2013 ed il 2014[1].
Descrizione
L'interno della chiesa è ad un'unica navata con soffitto a botte[1]; l'aula termina con il presbiterio rialzato di due gradini, a sua volta chiuso dell'abside poligonale[1]. Opere di pregio qui conservate sono la pala che ha come soggetto Santo Stefano Protomartire, realizzata da Felice Boscaratti, le tele che raffigurano Davide e Abigaille e Rebecca che riceve doni da Abramo, il dipinto del soffitto che rappresenta la Gloria di Santo Stefano, eseguito da Odoardo Perini, autore anche dell'affresco con il Martirio di Santo Stefano[1].
Nella prima cappella a destra partendo dal fondo, dedicata a san Pietro, vi è collocata la pala d'altareDeposizione dalla croce dipinta da Girolamo dai Libri nel 1490 per la cappella della Madonna del Rosario (o Da Lisca) della chiesa di Santa Maria in Organo e giunta a Malcesine nel 1720.[3]
Gino Castiglioni (a cura di), Per Girolamo dai Libri : pittore e miniatore del Rinascimento veronese, Venezia, Marsilio, 2008, ISBN978-88-317-9611-8, SBNIT\ICCU\MOD\1487361.