Il primitivo luogo di culto di Magugnano, dipendente dal monastero veronese di Santa Maria in Organo, sorse presumibilmente tra i secoli XII e XIII; divenne autonoma verso la metà del Quattrocento, allorché venne eretta in parrocchiale[1].
La parrocchia di Magugnano, inizialmente molto estesa, fu ridotta di dimensioni tra il XVII e XVIII secolo con l'istituzione delle due parrocchie di Castello e di Castelletto[1].
Nel 1882 si ruppe una catena che sosteneva le travature del tetto; si rese quindi necessario un intervento di consolidamento, condotto tra il 1885 e il 1890, terminato il quale la chiesa fu riaperta al culto[1].
Le decorazioni vennero eseguite nel 1961 e, nella seconda metà di quel decennio, la parrocchiale fu adeguata alle norme postconciliari mediante l'aggiunta dell'altare rivolto verso l'assemblea[1].
Nel 2005 la chiesa venne interessata da un intervento di restauro su disegno dell'architetto Tiziano Maestrello[1].
L'interno dell'edificio si compone di un'unica navata, sulla quale si affacciano le cappelle laterali introdotte da archi a tutto sesto e le cui pareti sono scandite da paraste sorreggenti la trabeazionemodanata e aggettante sopra la quale si imposta la volta a botte ribassata; al termine dell'aula si sviluppa il presbiterio, rialzato di alcuni gradini e chiuso dall'abside di forma semicircolare[1].