Cantoni dal 1869 perseguì un progetto politico-culturale per la formazione della classe dirigente italiana, ispirato al rigore della preparazione professionale ed allo spirito di libertà.
Dedicò tutta la sua vita ed i suoi studi alla conoscenza ed alla diffusione del pensiero kantiano, di cui diede un'interpretazione dualistica in opposizione all'idealismo di Fichte e di Hegel.
Per i suoi studi sui filosofi tedeschi, ed in particolare sulla filosofia kantiana, nel 1904 gli venne assegnata la laurea honoris causa presso l'università tedesca di Königsberg. Scrisse molti libri tra cui Giovanbattista Vico, studi critici e comparativi e Corso elementare di filosofia.
Morì a Gropello l'11 settembre 1906: le spoglie riposano nel Cimitero Vecchio nelle cappella di famiglia raro esempio di liberty.
All'interno della cappella un busto di marmo realizzato dallo scultore Enrico Cassi riproduce le due figliolette Isabella Adele Giuditta (mancata all'età di 2 anni a Milano nel 1872 dove la famiglia risiedeva) e Isabella deceduta a Pavia nel 1881 all'età di 8 anni. Oltre agli altri membri della famiglia riposa qui anche la moglie Cristina Magenta.
Anche nel cortile dell'Università di Pavia vi è un busto in marmo, anch'esso opera del Cassi. La sua biblioteca è stata donata alla Biblioteca di Studi Umanistici dell'Università di Pavia.
La casa dove è nato e vissuto è stata mantenuta integra e si può pernottare al suo interno.[5]
Nel 2004 l'amministrazione comunale ha intitolato al professore la Sala Polivalente della Biblioteca di Gropello Cairoli.
