La cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2021, diciassettesima edizione della prova, si disputò l'8 settembre 2021 su un percorso di 22,4 km con partenza ed arrivo a Trento, in Italia. La medaglia d'oro fu appannaggio del belga Alec Segaert, il quale completò il percorso con il tempo di 26'26"61, alla media di 50,83 km/h; l'argento andò all'altro belga Cian Uijtdebroeks e bronzo al francese Eddy Le Huitouze.
Partenza con 52 ciclisti, dei quali tutti completarono la gara.
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