La cronometro maschile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2008 si è svolta il 4 luglio 2008 in Italia, con partenza da Arona ed arrivo a Stresa, su un percorso di 16,5 km. La medaglia d'oro è stata vinta dal polacco Michał Kwiatkowski con il tempo di 20'09" alla media di 49,19 km/h, argento al norvegese Vegard Breen e a completare il podio il francese Marlen Zmorka.