Prima del suo ingresso nella Dream Fernandes è stato un campione di jiu jitsu brasiliano di livello internazionale, vincendo il campionato del mondo nel 2002 (per le cinture marroni), 2003, 2005 e 2006 (per le cinture nere).
Cintura blu nel 1997, Fernandes conquista il titolo nazionale per i pari livello proprio quell'anno; l'anno successivo arrivò terzo al mondiale di BJJ per le cinture blu.
Passa alla cintura viola e nel 2001 diviene campione del Brasile anche in tale categoria.
L'anno successivo, nel 2002, bissa il successo nazionale, questa volta con la cintura marrone.
Conquista la cintura nera nel 2003, anno nel quale mette a segno la doppietta titolo nazionale-mondiale, vincendo entrambi.
Nel 2004, anno del suo esordio nelle arti marziali miste, Fernandes conquista il suo primo titolo panamericano, dovendosi però accontentare della medaglia d'argento al mondiale dello stesso anno.
La tanto attesa doppietta internazionale arriva nel 2005, con Fernandes che s'impone sia nel campionato panamericano, sia in quello mondiale.
Sarà campione delle Americhe anche nel 2006 e 2007 e campione del mondo nel 2006.
Carriera nelle arti marziali miste
Inizi
Il primo incontro da professionista di Fernandes è datato 23 ottobre 2004 ed è una vittoria in un evento organizzato dalla Jungle Fight, l'allora organizzazione di arti marziali miste più prestigiosa del Brasile.
Fernandes approda negli Stati Uniti nel 2006 per combattere l'incontro per il titolo dei pesi gallo per la King Of The Cage: l'avversario è Urijah Faber, futuro dominatore mondiale di categoria, e Fernandes perde il titolo per stop medico.
L'anno successivo si trasferisce in Giappone nella Hero's per affrontare Norifumi Yamamoto, ex K-1 e vincitore del torneo Hero's 2005 Lightweight Grand Prix: Fernandes subisce la sua seconda sconfitta consecutiva, questa volta ai punti.
Inizia nel 2008 la sua esperienza in Canada, dove si accaserà nel team Carlson Gracie Team Canada: qui combatte due incontri per la Raw Combat, vincendoli entrambi
Dream
Fernandes passa alla prestigiosa organizzazione nipponicaDream nel 2009 per prendere parte al torneo Dream 2009 Featherweight World Grand Prix, che avrebbe decretato il campione Dream dei pesi piuma, titolo fino ad allora mai assegnato.
Fernandes esordisce con una vittoria per decisione unanime su Takafumi Otsuka.
Nei quarti di finale ha la meglio ai punti anche su Masakazu Imanari, ex campione Deep e Cage Rage ed esperto di sottomissioni.
La semifinale è un capolavoro, in quanto sottomette con un armbar in soli 42 secondi Joe Warren, campione del mondo di lotta greco-romana e futuro campione di categoria Bellator.
La finale contro lo street fighterHiroyuki Takaya è molto più equilibrata, e Fernandes riesce ad ottenere una vittoria non unanime, divenendo il primo campione dei pesi piuma nella storia della Dream.
Nel 2010 sarà chiamato a difendere il titolo dall'ex campione dei pesi leggeri Dream Joachim Hansen, riuscendoci ancora una volta con una striminzita vittoria con due giudici di gara su tre a favore del brasiliano.
Al Dynamite!! 2010, evento organizzato per la notte di San Silvestro dalla Dream, Fernandes non riuscirà a bissare la difesa del titolo cedendo alla voglia di riscossa di Hiroyuki Takaya, che porta a casa la cintura con una vittoria unanime ai punti.
Nel 2011 la Dream istituisce per la prima volta il titolo dei pesi gallo, messo in palio come di consueto con un torneo ad eliminazione diretta; Fernandes decide di tornare alla sua originaria categoria di peso, prendendo parte al torneo ad otto.
Nei quarti di finale come nel 2010 affronta Takafumi Otsuka, e lo sconfigge ancora, questa volta sottomettendolo con uno strangolamento in meno di un minuto.
In semifinale vince ai punti contro il connazionale Rodolfo Marques.
La finalissima per il titolo non si preannuncia facile contro l'espertissimo Antonio Banuelos, ex lottatore WEC e UFC: Fernandes riesce invece ad imporsi per KO in un minuto e 21 secondi, vincendo la sua seconda cintura nell'organizzazione Dream e tornando ad essere un campione in carica.
Al tempo Fernandes era uno dei pochi pesi gallo ad essere considerato unanimemente un top 10 e a non combattere per una delle organizzazioni della Zuffa come UFC e Strikeforce.
ONE Fighting Championship
A causa del temporaneo fallimento della Dream avvenuto nel giugno 2012 la promozione statunitenseUFC, nota al tempo per essere la più importante lega al mondo per le arti marziali miste, approfittò della situazione e offrì un contratto a Fernandes.
Girarono subito voci di un esordio programmato per il 21 luglio 2012 nell'evento UFC 149: Faber vs. Barão contro Roland Delorme, ma il brasiliano rifiutò l'offerta economica fattagli da Dana White per accettare la migliore proposta messa sul piatto dalla neonata organizzazione singaporianaONE FC, che al tempo voleva imporsi come la nuova promozione di riferimento delle MMA asiatiche[1].
Esordì nel main match dell'evento One FC 5 - Pride of a Nation contro l'australianoGustavo Falciroli vincendo ai punti.
Lo stesso anno la Dream viene rifinanziata e organizza un evento per il 31 dicembre al quale Fernandes prende parte: qui ha la meglio su Yoshiro Maeda, campione della promozione Deep, sottomettendolo con uno strangolamento durante il primo round.
Nel maggio 2013 Fernandes viene scelto come contendente al titolo ad interim dei pesi gallo della promozione ONE FC, in quanto l'allora campione indiscusso Kim Soo-Chul era fuori gioco per infortunio: Fernandes domina per cinque round l'ex campione ShootoKoetsu Okazaki, divenendo il campione ad interim.
Nell'ottobre dello stesso anno affronta il campione in carica Kim Soo-Chul, vincendo ai punti dopo cinque combattuti round e divenendo quindi il nuovo campione indiscusso della promozione singaporiana ed il primo campione non asiatico della stessa.
Nel maggio del 2014 difese con successo la cintura di campione contro il vincitore del torneo ONE FC Bantamweight Grand Prix ed ex campione ShootoMasakatsu Ueda.
Lo stesso anno difende il titolo per la seconda volta contro l'imbattuto Kim Dae-Hwan, tornando a vincere per sottomissione.