BacDive

Bac Dive
sito web
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URLbacdive.dsmz.de/
Tipo di sitometadatabase
LinguaInglese
Registrazioneobbligatorio
Scopo di lucroNo
Proprietariosì
Creato daLeibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
Lancio2012
Stato attualeattivo
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BacDive, acronimo di The Bacterial Diversity Metadatabase (il Metadatabase della diversità batterica), è un metadatabase che fornisce informazioni sui batteri e gli archeobatteri. Esso opera su metadati ottenuti da una pluralità di basi di dati indipendenti e mediante una gestione su sistemi distribuiti.

Introduzione

Bac Dive è una risorsa di informazioni per diversi tipi di metadati, quali: tassonomia, morfologia, fisiologia, ambiente e biologia molecolare.[1][2][3][4][5][6][7][8] La maggior parte dei dati è annotata e curata manualmente. Al dicembre 2022 Bac Dive offriva informazioni per 93.254 ceppi, inclusi 19.313 tipi. Il database è ospitato dal Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (Leibniz Institute- Collezione tedesca di microorganismi e colture cellulari), appartenente a de.NBI, la rete tedesca per le infrastrutture bioinformatiche, nonché a Elixir, la rete europea per la bioinformatica.

Nel dicembre 2022 BacDive è stato selezionato dalla Global Biodata Coalition come Global Core Biodata Resource (GCBR, risorsa chiave di biodati a livello globale). I GCBR sono considerati risorse di dati fondamentali per la ricerca globale nel campo delle scienze della vita e della biomedicina.

Contenuti e caratteristiche

Banca dati

La versione di dicembre del database comprendeva oltre 1.000 diversi campi dati, suddivisi nelle categorie "Nome e classificazione tassonomica", "Morfologia", "Cultura e condizioni di crescita", "Fisiologia e metabolismo", "Isolamento, campionamento e informazioni ambientali", "Informazioni sulla sicurezza", "Informazioni sulla sequenza" e "Disponibilità del ceppo". Il database comprendeva 1.922.166 voci, collegate al ceppo e al riferimento corrispondenti. I dati erano corredati da descrizioni interne relative a raccolte di colture, compendi compilati da esperti e derivati dalla letteratura scientifica primaria (ad esempio per le descrizioni delle specie).

Accesso ai dati

È possibile accedere ai dati tramite una GUI o tramite il servizio web RESTful. Utilizzando la GUI, l'utente può scegliere tra una ricerca semplice dei ceppi per nome, numero di raccolta della coltura, ID fiscale NCBI o numero di accesso alla sequenza INSDC, oppure l'utente può utilizzare la ricerca avanzata, che consente la ricerca all'interno di 130 campi di dati e fornisce la possibilità di formulare query complesse combinando più campi. I dati possono essere scaricati in formato PDF (per ceppi singoli) o in formato CSV per dataset più grandi (per ceppi multipli).

Tramite il portale del servizio web RESTful è possibile accedere automaticamente ai contenuti di Bac Dive (previa registrazione gratuita). Per supportare l'uso dell'API, sono disponibili i client software[9] in linguaggio Python e R.

Note

  1. ^ C Söhngen, B Boyke, A Podstawka, D Gleim e J Overmann, BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase, in Nucleic Acids Research, vol. 42, Database issue, 13 ottobre 2013, pp. D592–D599, DOI:10.1093/nar/gkt1058, PMC 3965005, PMID 24214959.
  2. ^ X. M. Fernández-Suárez, D. J. Rigden e M. Y. Galperin, The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection, in Nucleic Acids Research, vol. 42, Database issue, 5 dicembre 2013, pp. D1–D6, DOI:10.1093/nar/gkt1282, PMC 3965027, PMID 24316579.
  3. ^ Cohan lab, DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database, su cohanlab.research.wesleyan.edu, 23 ottobre 2015.
  4. ^ Basel Abu-Jamous, Rui Fa e Asoke K. Nandi, Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics, John Wiley & Sons, 2015, pp. 448, ISBN 9781118906552.
  5. ^ I. B. Zhulin, Databases for Microbiologists, in Journal of Bacteriology, vol. 197, n. 15, 1º agosto 2015, pp. 2458–2467, DOI:10.1128/JB.00330-15, PMC 4505447, PMID 26013493.
  6. ^ C Söhngen, A Podstawka, B Boyke, D Gleim, A Vetcininova, LC Reimer, C Ebeling, C Pendarovski e J Overmann, BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016, in Nucleic Acids Research, vol. 44, Database issue, 30 settembre 2015, pp. D581–D585, DOI:10.1093/nar/gkv983, PMC 4702946, PMID 26424852.
  7. ^ LC Reimer, A Vetcininova, J Sardà Carbasse, C Söhngen, D Gleim, C Ebeling e J Overmann, BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis, in Nucleic Acids Research, vol. 47, Database issue, 17 settembre 2018, pp. D631–D636, DOI:10.1093/nar/gky879, PMC 6323973, PMID 30256983.
  8. ^ LC Reimer, J Sardà Carbasse, J Koblitz, C Ebeling, A Podstawka e J Overmann, BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data, in Nucleic Acids Research, vol. 50, Database issue, 7 gennaio 2022, pp. D741–D746, DOI:10.1093/nar/gkab961, PMC 8728306, PMID 34718743.
  9. ^ Client software, su api.bacdive.dsmz.de.

Collegamenti esterni