L'erezione dell'eparchia traeva origine dalla volontà dei cattolici di lingua ungherese di avere una propria circoscrizione ecclesiastica indipendente, tuttavia non mancarono le rimostranze dei vescovi romeni di rito bizantino, che consideravano tutti i fedeli delle loro diocesi come persone di etnia romena, che per effetto della magiarizzazione avevano dimenticato la loro lingua. L'eparchia di Gran Varadino in particolare considerava eccessivo il numero di parrocchie cedute.[2] Inizialmente era stata proposta come sede della nuova eparchia Debrecen, ma il comune di Hajdúdorog intervenne offrendo un ampio terreno per il vescovado. Le spese per la costituzione della mensa vescovile furono sostenute dal governo austro-ungarico e anche in riconoscenza di questa generosità, il Papa concesse all'imperatore il diritto di presentazione dell'eparca. Nella stessa bolla di erezione si proibisce espressamente di usare l'ungherese, che non era annoverato tra le lingue liturgiche, nelle funzioni liturgiche e si stabilisce che sia utilizzato il greco antico. Poiché la nuova eparchia, eretta in base a un criterio linguistico, si estendeva su un territorio molto vasto, che andava dall'isolata parrocchia di Budapest fino ai Carpazi, era previsto che l'eparca governasse le parrocchie più lontane verso est tramite un vicario.
Come conseguenza delle tensioni etniche suscitate dall'erezione dell'eparchia di Hajdúdorog, il 23 febbraio 1914 un attentato colpì la residenza provvisoria dell'eparca István Miklósy a Debrecen. Per l'esplosione di un pacco bomba morirono tre assistenti dell'eparca, fra cui il vicario generale Mihály Jaczkovics. Lo stesso István Miklósy scampò all'attentato perché chiamato al telefono in un'altra stanza. Il responsabile dell'attentato fu ritenuto l'anarco-comunista Ilie Cătărău, un collaboratore dei servizi segreti romeni e russi.[3]
Il 5 marzo 2011 in forza del decreto Ut aptius spirituali della Congregazione per le Chiese orientali cedette 29 parrocchie all'esarcato apostolico di Miskolc.
Il 19 marzo 2015 è stata elevata al rango di metropolia in forza della bolla De spiritali itinere di papa Francesco, e le sono state assegnate come suffraganee le eparchie di Miskolc e di Nyíregyháza; quest'ultima è stata eretta con territorio dismembrato da quello di Hajdúdorog. A seguito di queste decisioni, la sede della curia arcieparchiale è stata trasferita nella città di Debrecen. Con la bolla In hac suprema è stata eretta la Chiesa metropolitana sui iuris d'Ungheria e la cattedrale è stata traslata nella chiesa di Santa Maria del Patrocinio di Debrecen.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
István Miklósy † (23 giugno 1913 - 30 ottobre 1937 deceduto)
Miklós Dudás, O.S.B.M. † (25 marzo 1939 - 15 luglio 1972 deceduto)
Sede vacante (1972-1975)
Imre Timkó † (7 gennaio 1975 - 30 marzo 1988 deceduto)
Szilárd Keresztes (30 giugno 1988 - 10 novembre 2007 ritirato)
Szilárd Keresztes (10 novembre 2007 - 2 maggio 2008) (amministratore apostolico)
^Dal sito web dell'eparchia di Miskolc: Ferenc pápa 2016. január 30-án pontosította a metropólia egyházmegyéinek határait. A Miskolci Egyházmegye területe Borsod-Abaúj-Zemplén megye és Heves megye egész területe. A Nyíregyházi Egyházmegye területe Szabolcs-Szatmár-Bereg megye teljes területe. A Hajdúdorogi Főegyházmegye területe pedig az előbbiekben említett keleti és északi megyék kivételével a többi 16 megye és Budapest területe.