Nel 1844 cedette un'altra porzione di territorio a vantaggio dell'erezione del vicariato apostolico di Honan (oggi diocesi di Nanyang).
Il 21 gennaio 1856 la diocesi fu soppressa da papa Pio IX e sul suo territorio fu eretto il nuovo vicariato apostolico di Kiang-nan. Questa decisione della Santa Sede comportò la fine del patronato portoghese sulla diocesi e conseguentemente la sostituzione dei missionari portoghesi con i Gesuitifrancesi.[5]
L'8 agosto 1921 cedette una porzione di territorio a vantaggio dell'erezione del vicariato apostolico di Anhui (oggi diocesi di Wuhu) assumendo al contempo il nome di vicariato apostolico di Kiangsu. Il 1º maggio 1922 cambiò nuovamente nome in vicariato apostolico di Nanchino.
L'11 agosto 1926, il 1º luglio 1931 e il 13 dicembre 1933 cedette altre porzioni di territorio a vantaggio dell'erezione rispettivamente del vicariato apostolico di Haimen, della prefettura apostolica di Xuzhou e del vicariato apostolico di Shanghai. Tutte queste circoscrizioni oggi sono diocesi.
Nel 1980 è stato nominato amministratore di Nanchino monsignor Joseph Qian Huimin, ordinato vescovo della diocesi nel luglio dell'anno successivo; muore il 20 maggio 1993.[6]
Il 20 aprile 2005 è morto il vescovo Joseph Liu Yuanren, a capo della diocesi dal 1993 e dal 1998 presidente della Conferenza episcopale cinese ufficiale; gli è succeduto il coadiutore Francis Xavier Lu Xinping, ordinato vescovo dallo stesso Yuanren, senza mandato della Santa Sede, il 6 gennaio 2000.[7]
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Ignace Cottolendi, M.E.P. † (20 settembre 1660 - 16 agosto 1662 deceduto)
Gregory Luo Wen-zao (Lopez), O.P. † (4 gennaio 1674 - 27 febbraio 1691 deceduto)
Giovanni Francesco de Nicolais, O.F.M.Ref. † (1691 - 1693 o 1694 dimesso) (vescovo eletto)
Alessandro Ciceri, S.I. † (25 gennaio 1694 - 22 dicembre 1703 deceduto)
L'arcidiocesi nel 1950 su una popolazione di 6.000.000 di persone contava 32.536 battezzati, corrispondenti allo 0,5% del totale.
anno
popolazione
presbiteri
diaconi
religiosi
parrocchie
battezzati
totale
%
numero
secolari
regolari
battezzati per presbitero
uomini
donne
1950
32.536
6.000.000
0,5
47
37
10
692
10
33
17
Secondo la Guide to the Catholic Church in China 2008[9], l'arcidiocesi di Nanchino conta oltre centomila fedeli, con 11 parrocchie e circa 20 sacerdoti.
^Bolla Romanus Pontifex n. 2: « ... Propterea dictum oppidum de Nankim a dioecesi Macaonensi dismembrari et in civitatem, dictamque ecclesiam Beatae Virginis in cathedralem erigi... ».