Alla morte della suocera, Bianca di Navarra, nel 1441, suo marito, Carlo, divenne re di Navarra, ma in realtà non regnò mai, a causa di una clausola[5] del testamento della defunta regina[6], (sembra che venne inserita seguendo le volontà del padre di Bianca e nonno di Carlo, Carlo III il Nobile). Perciò suo padre, invocando il testamento della moglie, usurpò il trono di Navarra al figlio, assumendo il titolo di re di Navarra come Giovanni II[6], lasciando al figlio il titolo di governatore.
Comunque, dato che il suocero di Agnese, Giovanni, oltre che essere co-reggente del regno di Aragona, continuava ad essere interessato agli affari ed agli intrighi del regno di Castiglia, il marito Carlo, anche se non fu mai incoronato, continuò a governare il regno di Navarra per conto del padre Giovanni, e Agnese fu di fatto la regina consorte di Navarra.
Agnese morì, ancor giovane, nel 1448[1], senza aver dato un erede al marito. Alla morte di Carlo, nel 1461, per questo motivo si accese una guerra civile nota come la guerra civile catalana.
^Lo storico José Yanguas y Miranda riporta che nel testamento del 17 febbraio 1439, la regina Bianca di Navarra tra le altre disposizioni lasciò il figlio Carlo (su hijo el principe D. Carlos) suo erede universale, chiedendogli però che, alla sua morte (di Bianca) non assumesse il titolo di re di Navarra, lasciandolo al padre Giovanni.
