Gubler er fæddur og uppalinn í Las Vegas í Nevada. Sem menntaskólanemi þá stundaði Gubler nám við Las Vegas Academy of International Studies, Performing and Visual Arts þar sem hann lærði leiklist, þrátt fyrir að skólinn kenndi ekki kvikmyndagerð sem er aðaláhugamál Gublers.[1] Gubler stundaði nám við Tisch School of the Arts við New-York-háskólann í kvikmyndaleikstjórn. Gubler vann sem módel fyrir Tommy Hilfiger, Burberry, Louis Vuitton og Marc Jacobs á meðan hann var við nám í New York. Var boðið starfsnám hjá leikstjóranum Wes Anderson, sem sagði Gubler að fara í áheyrnarpróf fyrir hlutverk í myndinni The Life Aquatic with Steve Zissou sem Gubler fékk.[2]
Fyrsta hlutverk Gublers í sjónvarpi var í Arrested Development. Gubler hefur síðan 2005 leikið eitt af aðalhlutverkunum í Criminal Minds sem Dr. Spencer Reid.