Hjónabandið var ekki farsælt. Maria átti í átökum við hjákonur Hinriks, en fékk því jafnframt framgengt að Margot drottningu var hleypt aftur til Frakklands. Hún sýndi lítinn áhuga á stjórnmálum meðan Hinrik var á lífi og þegar hann var myrtur og hún varð ríkisstjóri fyrir barnungan son sinn, varð hún háð hirðmey sinni Leonoru Dori og ítölskum eigimanni hennar, Concino Concini. Í utanríkismálum hvarf hún frá hinni hefðbundnu andstöðu Frakklands við Spán enda sjálf af ætt Habsborgara og gekk frá því að börn hennar giftust meðlimum spænsku konungsfjölskyldunnar.
Stefna og stjórnunarhættir þeirra Concinis voru óvinsælir meðal hirðarinnar. Hún var neydd af franska háaðlinum til að kalla saman franska stéttaþingið1614-1615 í síðasta sinn fram að frönsku byltingunni. Þar kom fram biskupinn Richelieu sem ákafur talsmaður forréttinda kirkjunnar. 1616 gerði hún hann að æðstaráði í ríkisstjórn sinni og ráðgjafa sínum við hlið Concinis.
1617 gerði Charles de Luynes hallarbyltingu og fékk hinn fimmtán ára gamla Loðvík 13. til að taka stjórnina í eigin hendur. Loðvík lét myrða Concini og setti móður sína í stofufangelsi í Blois-höll í Loire-dal. Richelieu var einnig rekinn í útlegð. Tveimur árum síðar slapp hún og tók þátt í tilraun til hallarbyltingar undir stjórn bróður Loðvíks, Gaston hertoga af Orléans. Sveitir Loðvíks brutu byltinguna auðveldlega á bak aftur, en í kjölfarið sættust þau fyrir milligöngu Richelieus sem tók sæti de Luynes við hlið konungs eftir 1621.
Maria reyndi þá að koma Richelieu frá völdum og misheppnuð tilraun hennar og annarra óvina kardinálans til að fá konung til að segja honum upp störfum árið 1630 var kölluð Dagur flónanna. Eftir það var hún aftur rekin í útlegð til Compiègne þaðan sem hún flúði til Brussel1631 og Amsterdam1638 þar sem henni var tekið með kostum og kynjum. Litið var á heimsókn hennar sem óopinbera viðurkenningu á sjálfstæði Hollands.
