Við siðaskiptin voru klaustrin lögð af og eignir þeirra gerðar upptækar. Upphaflega átti að stofna skóla í klaustrunum og nota klaustureignirnar til að kosta skólahaldið en sú ákvörðun var afturkölluð, Kristján 3. Danakonungur tók allar klaustureignir undir sig og leigði þær til umboðsmanna (klausturhaldara). Munkar og nunnur sem voru í klaustrunum við siðaskipti fengu yfirleitt að dvelja þar áfram til æviloka.
Íslenskt samfélag og Rómarkirkja. Kristni á Íslandi, II. Aðalhöf. Gunnar F. Guðmundsson, myndritstj. Guðbjörg Kristjánsdóttir, meðhöf. Ásdís Egilsdóttir og Inga Huld Hákonardóttir. Ritstj. Hjalti Hugason. Alþingi, 2000