Akureyrarkirkja var teiknuð af Guðjóni Samúelssyni, þáverandi húsameistara ríkisins. Lengi var talið að miðgluggi kirkjunnar væri kominn úr kirkju á Coventry á Englandi sem var eyðilögð í síðari heimsstyrjöldinni[2]. Á svölum kirkjuskipsins eru lágmyndir eftir Ásmund Sveinsson. Skírnarfontur kirkjunnar er gerður eftir fyrirmynd Bertels Thorvaldsens.
Aðrir gluggar eru hannaðir og gerðir hjá J. Wippel & Co. í Exeter, í Devon héraði á Englandi. Kórgluggarnir sýna atburði frá boðun Maríu til skírnar Jesús, og táknmyndir guðspjallamannanna og Krists. Gluggar í kirkjuskipinu sýna atvik úr lífi Jesú, frá freistingunni til uppstigningarinnar. Minn myndirnar eru úr íslenskri kirkjusögu en átta þeirra eru teiknaðar af Kristni G. Jóhannssyni.
Altaristaflan yfir skírnarfonti er úr fyrstu kirkjunni sem reist var á Akureyri 1863. Það var Edvard Lehman danskur listamaður sem málaði hana og var hún færð kirkjunni að gjöf árið 1867.
Skírnarfontur kirkjunnar er eftirmynd af skírnarfonti Frúarkirkjunnar í Kaupmannahöfn. Hann er gerður úr hvítum marmara frá Ítalíu af Corrado Vigni.
Ljósakross og predikunarstóll er skreyttur íslensku silfurbergi.
Í kirkjunni eru tvær myndir málaðar af Kristínu Matthíasson sem sýna boðun Maríu og fæðingu frelsarans.
Lágmyndir á sönglofti kirkjunnar eru gerðar af Ásmundi Sveinssyni myndhöggvara og sýna atburði úr lífi Jesú: Fæðing, Jesú tólf ára í musterinu, Fjallræðan, Jesú blessar börnin, Jesú læknar sjúka, Jesú lífgar dáinn og Jesú eftir krossfestinguna.