A vörösfarkú trópusimadár legközelebbi rokonai a fehérfarkú trópusimadár(Phaethon lepturus) Daudin, 1802 és a vöröscsőrű trópusimadár(Phaethon aethereus)Linnaeus, 1758. Valamivel távolabbi, már kihalt rokonai voltak a Heliadornis és a Phaethusavis nemzetségek fajai.