Az ifjúsági csapatban eltöltött évek után 2001-ben debütálhatott a felnőtt együttesben, mellyel négy szezon során háromszor megnyerték a bajnokságot, egyszer pedig a Svájci Kupát. A 2002–03-as idényben az FC Aarau-nak adták kölcsönbe.
Borussia Dortmund
2005-ben a németBorussia Dortmund csapatához került, ahol három szezonjából az utolsót sérülések nehezítették.
Liverpool
2008. május 20-án megerősítették, hogy Philipp Degen 2008. július 1-jétől a Liverpool FC játékosa. A svájci védőnek lejárt a Dortmunddal kötött szerződése, így ingyen érkezhetett az angolokhoz. A csapat edzője, Rafael Benítez ezt mondta róla: "Ő egy támadó szellemű játékos sok energiával és a győzelemre összpontosít. Erőssége, hogy megy előre, és biztos vagyok benne, hogy bizonyítani fogja rátermettségét, hogy fontos eleme a csapatnak. Néha találni ilyen embereket a játékospiacon. Mikor rátalálsz egy ilyenre mint ő, aki nem kerül pénzbe, azt jelenti, hogy befektethetsz a keret egyéb fejlesztéseire. Ő egy jó igazolás, a lehetőség embere, aki segít nekünk szélesebb körben is javulni."
A 2008–09-es szezon elején sérült volt, majd első szereplésén, egy Ligakupa-meccsen bordatörést szenvedett.