Parvularia atlantis

Parvularia atlantis
Rendszertani besorolás
Domén: Eukarióták (Eukaryota)
Csoport: Amorphea
Csoport: Opisthokonta
Csoport: Holomycota
Csoport: Nucleariida
Nemzetség: Parvularia
Faj: Parvularia atlantis
Tudományos név
Parvularia atlantis
López-Escardo 2017

A Parvularia atlantis a Nucleariida klád Parvularia nemzetségébe tartozó faj. Filopódiumos amőba, melyet 1997-ben T. K. Sawyer izolált atlantai tóból, kultúrája az Amerikai Típuskultúra-gyűjteményben Nuclearia sp. ATCC 50694 néven szerepel, és ez az egyetlen ismert kultúrája.[1] Korábban a Nuclearia nemzetségbe sorolták, és morfológiailag hasonlít annak fajaira, de kisebb (a sejttest 4 μm-es, míg a Nucleariáé 9–60 μm). Később filogenetikai úton kiderült, hogy a Nucleariida új ágához tartozik, mely a Nucleariida két további nemzetségének (Nuclearia, Fonticula) távoli rokona.

Típuskultúrája Klebsiella pneumoniae pneumoniae ATCC 700831-et tartalmazó ATCC 802-es közegben él.[2]

Alacsony genetikai diverzitását okozhatja a kevés édesvíz- és talajminta vagy az SSU rRNS-sokszorosításkori primertorzítás.[1]

Történet

1997-ben izolálta T. K. Sawyer egy atlantai tóból, és az Amerikai Típuskultúra-gyűjteménybe Nuclearia sp. ATCC 50694 néven került. 2017-ben López-Escardó et al. kimutatták, hogy a Nucleariától külön nemzetség faja, és Parvularia atlantisszá nevezték át.[2] A P. atlantis nem az első alkalom, hogy egy filopódiumos amőbát tévesen a Nucleariába helyeznek: a Capsaspora owczarzakit korábban szintén ide helyezték,[3] míg filogenetikai alapon ki nem derült, hogy a Holozoa klád Capsaspora nemzetségének tagja.[4][5][6][7][8]

Morfológia

Közel gömbölyű sejt, átmérője állábak nélkül 3,36–5,92 μm, átlagosan 4,34 μm. Falloidinfestés alapján aktin sejtváza hosszú finom filopódiumaiba nyúlik. Lebeghet vagy a szubsztráthoz rögzülhet teljes sejttestével vagy állábaival. Teljesen rögzült állapotban nyújtott mászó alakot vehet fel. Sejtmagja tisztán látható központi nukleóluszt tartalmaz perifériás nukleóluszanyaggal, továbbá egy nagy vakuóluma és több kisebb vezikuluma is van. Állábai üvegesek, elágazhatnak, de sose képeznek anasztomózist. 2 mitokondriuma van, cristáik laposak vagy lemezesek.[2]

Álláb nélküli gömbölyű cisztákat hozhat létre, melyek kevésbé átlátszók, mint az amőboid alak, de néha láthatók vezikulumai.[2]

A Nucleariida utolsó közös őse feltehetően a Parvulariához vagy a Nucleariához hasonlíthatott.[1]

Életmód

Pálcika alakú baktériumokat, például Halomonast, Alteromonast eszik,[1] életciklusa során 1 vagy 2 magvú sejtekből áll, és álláb nélküli gömbölyű cisztákat is létrehozhat beágyazott külső réteggel. Táplálkozáskor az amőbákat gyakran sok baktérium veszi körül, halót alkotva.[2] Nanoplanktonikus.[9]

Genetika

Transzkriptomikai adatai 2017-től elérhetők.[10][11][12]

18S rRNS-e 92%-ban hasonlít a Nuclearia pattersoni, 89%-ban a Nuclearia thermophila és 86%-ban a Fonticula alba rRNS-ére. Jelentős különbség azonban, hogy nincs a Fonticula- és Nuclearia-fajokra jellemző V4- és V7-inzertációja.[2]

Korai Holomycota-ágként rendelkezik még SR-B-homológokkal, melyek a gombákban már nem találhatók meg,[13] a gombákban megtalálható Mgm1-et azonban másodlagosan elvesztette.[14]

A gombák Hog1-ével homológ fehérjéje az állati p38/JNK rokona.[15] Golgi-N-glikán-lebontó útjaiban a Parvularia az egyetlen olyan Holomycota-faj, mely rendelkezik GH99-cel, 189. aminosavja tirozin.[16]

Egy lehetséges 1. Polycomb-represszióskomplex-ortológja csak N-terminális zf-Ran-BP motívumból áll, emellett van SAM és MBT doménnel rendelkező változata is, ezek sorrendje az állati fehérjéhez képest fordított.[17]

Filogenetika

A Parvularia a Parvularia atlantis mellett 5 környezeti fajt tartalmazó monofiletikus csoport.[2]

Testvércsoportja a Fonticula, melyek közös jellemzője a kisebb sejtméret, közös testvércsoportjuk korábbi feltételezések szerint a nagyobb sejtekből álló Nuclearia–Pompholyxophrys–Lithocolla klád.[9] E feltételezés szerint a kladogram:

Holomycota

Fungi


Cristidiscoidea
Nagysejtű fajok

Nuclearia



Pompholyxophrys



Lithocolla



Kissejtű fajok

Fonticula



Parvularia





2022-ben Gabaldón, Völcker és Torruella kimutatták, hogy a Fonticula, a Lithocolla és a Parvularia közös csoportja a Holomycota többi részének testvércsoportja, az eszerinti kladogram:[1]

Holomycota

Fungi




Parvularia



Fonticula



Lithocolla




Jegyzetek

  1. ↑ a b c d e Gabaldón T, Völcker E, Torruella G (2022. június 17.). „On the Biology, Diversity and Evolution of Nucleariid Amoebae (Amorphea, Obazoa, Opisthokonta”. Protist 173 (4). DOI:10.1016/j.protis.2022.125895. PMID 35841659. 
  2. ↑ a b c d e f g López-Escardó S, López-García P, Moreira D, Ruiz-Trillo I, Torruella G (2017). „Parvularia atlantis gen. et sp. nov., a Nucleariid Filose Amoeba (Holomycota, Opisthokonta)” (angol nyelven). J Eukaryot Microbiol 65 (2), 170–179. o. DOI:10.1111/jeu.12450. ISSN 1550-7408. PMID 28741861. PMC 5708529. 
  3. ↑ Owczarzak A, Stibbs HH, Bayne CJ (1980. január 1.). „The destruction of Schistosoma mansoni mother sporocysts in vitro by amoebae isolated from Biomphalaria glabrata: an ultrastructural study”. J Invertebr Pathol 35 (1), 26–33. o. DOI:10.1016/0022-2011(80)90079-8. PMID 7365267. 
  4. ↑ Zettler LA, Nerad TA, O'Kelly CJ, Sogin ML (2001. május 1.). „The Nucleariid Amoebae: More Protists at the Animal-Fungal Boundary” (angol nyelven). J Eukaryot Microbiol 48 (3), 293–297. o. DOI:10.1111/j.1550-7408.2001.tb00317.x. ISSN 1550-7408. PMID 11411837. 
  5. ↑ Hertel LA, Bayne CJ, Loker ES (2002. augusztus 1.). „The symbiont Capsaspora owczarzaki, nov. gen. nov. sp., isolated from three strains of the pulmonate snail Biomphalaria glabrata is related to members of the Mesomycetozoea”. Int J Parasitol 32 (9), 1183–1191. o. DOI:10.1016/S0020-7519(02)00066-8. PMID 12117501. 
  6. ↑ Medina M, Collins AG, Taylor JW, Valentine JW, Lipps JH, Amaral-Zettler L, Sogin ML (2003. július 1.). „Phylogeny of Opisthokonta and the evolution of multicellularity and complexity in Fungi and Metazoa”. Int J Astrobiol 2 (3), 203–211. o. DOI:10.1017/S1473550403001551. ISSN 1475-3006. 
  7. ↑ Ruiz-Trillo I, Inagaki Y, Davis LA, Sperstad S, Landfald B, Roger AJ (2004. november 23.). „Capsaspora owczarzaki is an independent opisthokont lineage”. Current Biology 14 (22), R946–R947. o. DOI:10.1016/j.cub.2004.10.037. PMID 15556849. 
  8. ↑ Ruiz-Trillo I, Lane CE, Archibald JM, Roger AJ (2006. szeptember 1.). „Insights into the Evolutionary Origin and Genome Architecture of the Unicellular Opisthokonts Capsaspora owczarzaki and Sphaeroforma arctica” (angol nyelven). Journal of Eukaryotic Microbiology 53 (5), 379–384. o. DOI:10.1111/j.1550-7408.2006.00118.x. ISSN 1550-7408. PMID 16968456. 
  9. ↑ a b Galindo LJ, Torruella G, Moreira D, Eglit Y, Simpson AGB, Völcker E, Clauß S, López-García P (2019. november 25.). „Combined cultivation and single-cell approaches to the phylogenomics of nucleariid amoebae, close relatives of fungiwjournal=Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci” 374 (1786). DOI:10.1098/rstb.2019.0094. PMID 31587649. PMC 6792443. 
  10. ↑ Guifré T et al. (2017. szeptember 26.). „Transcriptome - Parvularia atlantis (Nuclearia sp. ATCC 50694)” (amerikai angol nyelven). Figshare. DOI:10.6084/m9.figshare.3898485.v4. 
  11. ↑ (2013. december 10.) „Transcription factor evolution in eukaryotes and the assembly of the regulatory toolkit in multicellular lineages” (angol nyelven). Proceedings of the National Academy of Sciences 110 (50), E4858–E4866. o. DOI:10.1073/pnas.1311818110. ISSN 0027-8424. PMID 24277850. PMC 3864300. 
  12. ↑ Suga H, Torruella G, Burger G, Brown MW, Ruiz-Trillo I (2014. március 1.). „Earliest Holozoan expansion of phosphotyrosine signaling”. Molecular Biology and Evolution 31 (3), 517–528. o. DOI:10.1093/molbev/mst241. ISSN 1537-1719. PMID 24307687. PMC 4342544. 
  13. ↑ Boohar RT, Vandepas LE, Traylor-Knowles N, Browne WE (2023. december 1.). „Phylogenetic and Protein Structure Analyses Provide Insight into the Evolution and Diversification of the CD36 Domain "Apex" among Scavenger Receptor Class B Proteins across Eukarya”. Genome Biol Evol 15 (12). DOI:10.1093/gbe/evad218. PMID 38035778. PMC 10715195. 
  14. ↑ Sheikh S, Pánek T, Gahura O, Týč J, Záhonová K, Lukeš J, Eliáš M, Hashimi H (2023. június 1.). „A novel Group of dynamin-related proteins shared by eukaryotes and giant viruses is able to remodel mitochondria from within the tatrix”. Mol Biol Evol 40 (6). DOI:10.1093/molbev/msad134. PMID 37279941. PMC 10280142. 
  15. ↑ Shabardina V, Charria PR, Saborido GB, Diaz-Mora E, Cuenda A, Ruiz-Trillo I, Sanz-Ezquerro JJ (2023. január 18.). „Evolutionary analysis of p38 stress-activated kinases in unicellular relatives of animals suggests an ancestral function in osmotic stress”. Open Biol 13 (1). DOI:10.1098/rsob.220314. PMID 36651171. PMC 9846432. 
  16. ↑ Sobala ŁF (2023. október 29.). „Evolution and phylogenetic distribution of endo-α-mannosidase”. Glycobiology 33 (9), 687–699. o. DOI:10.1093/glycob/cwad041. PMID 37202179. PMC 11025385. 
  17. ↑ de Potter B, Raas MWD, Seidl MF, Verrijzer CP, Snel B (2023. november 10.). „Uncoupled evolution of the Polycomb system and deep origin of non-canonical PRC1”. Commun Biol 6. DOI:10.1038/s42003-023-05501-x. PMID 37949928. PMC 10638273. 

Fordítás

Ez a szócikk részben vagy egészben a Parvularia atlantis című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.

További információk