Nikkó története a legenda szerint 766-ban kezdődött. Ekkor egy Sotó nevű szerzetes, a település történetének egyik legfontosabb alakja, isteni parancsból megmászta a település mellett fekvő Nantai csúcsot és rajta megépítette a Sihonrjúdzsi templomot. A várost övező három hegy az évszázadok során a sintó, majd később a buddhizmus szent helyévé vált. A 12. században Nikkó szentélyei és templomai egyre fontosabb szerepet kaptak hála az akkor uralkodó Minamoto no Joritomónak és a Gendzsi családnak. 1617-ben megkezdődött a Tósógú szentély építése, amit a Tokugava Iejaszu iránti tisztelet jeléül építettek. A modern várost 1954. február 1-jén alapították. 2005. szeptember 1-jén a népesség 62 350 fő volt. 2006. március 20-án Nikkó összeolvadt Imaicsi városával és Asió, Fudzsihara valamint Kurijama falvaival, és így létrejött egy szintén Nikkónak nevezett új város. Az önkormányzat épülete a régi imaicsi városházában kapott helyet. 2006. május 1-jén az újonnan megalakult város lakossága 93 568 fő, területe 1449,87 négyzetkilométer volt. 2007. augusztus 1-jén Nikkó népessége elérte a 94 661 főt.
A Nikkó Tósógú (japánul 日光東照宮) szentély építését 1617-ben rendelte el Tokugava Hidetada, elhunyt édesapja, Tokugava Iejaszu számára. 1636-ban Tokugava Iemicu felújíttatta az épületeket, és 35 új épület építését adta parancsba. Az építkezések 18 hónapig tartottak és mai értékben 40 milliárd japán jenbe kerültek. Azóta újabb 20 épületet építettek a szentélyegyütteshez. 8 ezek közülük nemzeti műemlék Japánban és további 45 fontos kulturális emlék. A legjelentősebb épületetek a Honden, azaz a főcsarnok, a Jomeimon és a Karamon kapuk. A szentély mellett több száz lépcső vezet át a szugifenyők erdején keresztül az edényekig, amik Tokugava Iejaszu földi maradványait tartalmazzák.
A Sinkjúsa (Szent Ló istálló) sötét faépület mely aranyveretekkel van díszítve. A homlokzatát a három bölcs majom, a kínai és japán kultúra fontos jelképe díszíti.
Rinnódzsi
A Rinnódzsi (japánul 輪王寺) egy 15 templomból álló épületegyüttes, Nikkó legjelentősebb temploma. Sotóbuddhista szerzetes alapította 766-ban; tiszteletére a templom parkjában szobrot állítottak. Nagy népszerűségnek örvendett az itt élő szerzetesek körében, akik meditálni jártak ide. A Rinnódzsi uralma alá a templom fénykorában 500 kisebb templom tartozott szerte az országban. A templom legfontosabb épülete a Szanbucudó, a Három Buddha Terme, melyben hatalmas, aranyborítású, fából készült szobrok találhatók. Ezek Amida Buddhát, Szendzu-kannont (ezerkarú kannon) és Bató-kannont (lófejű kannon) ábrázolják. Ezek a néphiedelem szerint Nikkó három hegyének megtestesült kamijaisintó istenei). A Szanbucudóval szemben álló épületben a buddhizmusról és a Togugava-családról szóló kiállítások láthatók. A Rinnódzsihoz tartozik egy kis japán kert, a Sójóen, és Tokugava Iemicu mauzóleuma, az 1653-ban épült Taijúin-bjó.
Nikkó éghajlata nagyjából hasonlít Hokkaidóéra, bár közelebb van Tokióhoz mint Hokkaidóhoz. A helyi éghajlatot nagyban befolyásolja a tengerszint feletti magasság; a város legalacsonyabb és legmagasabb pontja között több Celsius-fokos különbség is lehet.