Johanna két gyermeket szült, de csak a lánya, Johanna érte meg a nagykorúságot. Az 1480-ban született Nápolyi Károly csupán 6 évet élt.
Férje halála után a lányát szerette volna a trónon látni, így elősegítette, hogy mostohaunokája, II. Ferdinánd nápolyi király a nála kb. 10 évvel fiatalabb nagynénjét, az ő lányát vegye feleségül, amelyre 1496. július 26-án került sor. A házasságuk azonban gyermektelen maradt, mert az ifjú király hamarosan megbetegedett, és váratlanul meghalt 1496. október 7-én. Halálos ágyán a nagybátyját és Johanna királyné mostohafiát, Frigyes tarantói herceget nevezte meg örököséül. Az idősebb Johanna királyné azonban a lányát szerette volna a trónon látni a mostohafia helyett. Az özvegy Johanna királynék a szomorú királyné megjelölést kapták gyászuk okán.
a Castel Capuano Nápolyban
Johanna 1501-ben újra találkozott a hazájába visszatérő mostohalányával, Aragóniai Beatrix magyar királynéval. A franciák bevonulása után a két Johanna királyné, anya és lánya a másik Szicíliai Királyságba menekült, és Palermóban vészelték át országuk francia megszállását, amely királyság az Idősebb Johanna királyné bátyjának, II. Ferdinánd aragóniai királynak a birtokában volt. Miután a franciákkal szövetséges aragón király összekülönbözött XII. Lajossal, a vetélkedés eredményeként az egész Nápolyi Királyság az aragón király kezébe került 1504-ben, és ekkor az özvegy királynék: Idősebb Johanna, Beatrix és Ifjabb Johanna, valamint az özvegy milánó hercegné, II. Alfonz nápolyi király lánya, Aragóniai Izabella nápolyi királyi hercegnő a lányával, Sforza Bona későbbi lengyel királynéval is Nápolyban telepedtek le, a Castel Capuanóban rendezkedtek be.
Katolikus Ferdinánd bőkezűen gondoskodott az udvartartásukról nővére, az Idősebb Johanna kedvéért. 1506 őszén II. Ferdinánd aragóniai király az újdonsült feleségével Foix Germánával az újonnan szerzett királyságába látogatott, és ekkor látta viszont rég nem látott húgát, valamint megismerhette unokahúgait, Ifjabb Johanna királynét és Beatrixot. 1508-ban Idősebb Johanna megbetegedett, akit Beatrix is ápolt, amelynek következtében ő is ágynak esett, azonban ő már nem épült fel a betegségből. A betegágyánál mindkét Johanna királyné viszonozta Beatrix korábbi gondoskodását, de rajta nem tudtak segíteni. Végrendeletében anyára és lányára 50–50 ezer aranyat hagyott abból a remélt összegből, amelyet válása után követelt II. Ulászló magyar királytól az özvegytartása címen, de sohasem kapott meg, és örökösei sem jutottak soha hozzá.[3]
