1968 óta Németországban él, neve időközben világszerte koncertező orgonaművészként, zeneszerzőként és zeneelméleti munkássága által egyaránt ismertté vált. 1971 és 1976 között az észak-németországi Wildeshausen-ben az Alexanderkirche főállású karigazgatója és orgonistája volt és a detmoldi Zeneművészeti Főiskolán tanított, majd a würzburgi Zeneművészeti Főiskola professzora lett.
1979-ben Bajor Állami Díjjal, 2000-ben a Debreceni Református Hittudományi Egyetem díszdoktori címével, 2011-ben pedig a Magyar Köztársaság Elnökének Érdemérmével tüntették ki. Életműve 2016-ban Magyar Örökség Díjat kapott.
Sokrétű tevékenységét hanglemez- és rádiófelvételek, zeneelméleti tanulmányok, könyvek és európai, illetve amerikai főiskolákon tartott mesterkurzusai és vendégelőadásai dokumentálják. Gárdonyi Zsolt számos kompozíciója már a nemzetközi egyházzenei repertoár állandó részévé lett. 2001 és 2004 között Budapesten több alkalommal is vendégprofesszora volt a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetem Zeneszerzői Doktoriskolájának. 2016-ban az amszterdami "Orgelpark"-ban adott nagy sikerű hangversenyével lezárta az ötven esztendőt és húsz országot átfogó koncertpályáját. Gárdonyi Zsolt egyik új orgonaművét Lift High the Cross (2019) fia, Gárdonyi Dániel mutatta be, aki a család zenei hagyományait orgonistaként folytatja.
Magyarország köztársasági elnöke 2022. március 15-én Gárdonyi Zsoltot a "nagy hatású zeneszerzői, orgonaművészi és zenepedagógiai pályafutása, valamint a protestáns egyházzenei művészetben évtizedek óta betöltött meghatározó szerepe elismeréseként" a Magyar Érdemrend Lovagkeresztjével tüntette ki.
Munkássága
Zeneszerzői
Életművében az orgona központi szerepet tölt be, mind szólóban, mind más hangszerekkel, ill. kórussal együtt. Zenei nyelvezete a bachi hagyományból, az impresszionizmusból és Messiaen stílusából éppúgy merít, mint a jazzből. Harmóniavilágában az akusztikus és distanciális hangkészlet markáns szerepet játszik.
2018-ig mintegy 70 darabja jelent meg nyomtatásban, diszkográfiája számos CD-felvételt foglal magában (Németország, Magyarország, Svédország, USA, Anglia, Japán). Orgonaműveinek magyarországi felvételeiben Karasszon Dezső, németországi felvételeiben David Schollmeyer és Rudolf Müller vállalt jelentős szerepet.
Egyházzenei
Gárdonyi Zsolt művészi hitvallásában hangsúlyozza annak fontosságát, hogy az istentiszteleten felhangzó zene mindig művészi igénnyel megkomponált és jól előadott kell, hogy legyen. Saját formanyelvével és hangzásvilágával jelentősen gazdagította a protestáns egyházzene repertoárját; részt vett az új német énekeskönyvhöz tartozó korálkönyv megalkotásában is.
Kontrapunkt. Dargestellt an der Fugentechnik Bachs; Möseler, Wolfenbütte–Zürich, 1980
Virtuosität und Avantgarde. Untersuchungen zum Klavierwerk Franz Liszts; szerk. Gárdonyi Zsolt, Siegfried Mauser; Schott, Mainz, 1988 (Schriften der Hochschule für Musik Würzburg)
Kontrapunkt. Dargestellt an Fugenstrukturen bei Johann Sebastian Bach; jav. kiad.; Möseler, Wolfenbüttel, 1991
Gárdonyi Zsolt–Hubert Nordhoff: Összhang és tonalitás. A harmóniatörténet stílusjegyei; ford. Terray Boglárka; Rózsavölgyi, Budapest, 2012
Gárdonyi Zsolt–Hubert Nordhoff: Összhang és tonalitás. A harmóniatörténet stílusjegyei; ford. Terray Boglárka; 2. jav. kiad.; Rózsavölgyi, Budapest, 2017
J. S. Bach ellenpontművészete; ford. Terray Boglárka; EMB, Budapest, 2022
Díjak, kitüntetések
Bajor Állami Díj (1979)
A debreceni Református Hittudományi Egyetem díszdoktori címe (2000)