Édesapja Filipek Sándor (1880–1974),[1] pesti gépészmérnök, édesanyja Prochazka Gertrud (1891–1966) volt.[2] Jómódú családból származott, dédnagyapja Waltersdorfer Vilmos (1824-1894) sörgyári igazgató, üknagyapja, Jurenák Pál (1796-1876) pedig a főváros legnagyobb vaskereskedője volt. Budapesten a piarista gimnáziumban érettségizett 1934-ben, majd a Tudományegyetem latin–történelem szakára nyert felvételt. 1938-ban doktorált Mályusz Elemér tanítványaként. Ezután a Magyar Országos Levéltárba került, ahol 1946-ig dolgozott. 1939 és 1941 között azonban katonai szolgálatot kellett teljesítenie, behívták, és a doni harctérre került. Leszerelése után, 1943-ban ösztöndíjjal Szlovákiába küldték az ott maradt levéltárak anyagainak filmezésére. Pozsonyban érte meg a háború végét, és csak 1945 közepén tért vissza Budapestre.
1946 elején, miután a veszélyeztetett magángyűjtemények miniszteri biztosa visszalépett, 1947 júliusában elfoglalta a kulturális emlékek további pusztulásának megakadályozása és felmérése érdekében létrehozott hivatalt. Ezt a posztot 1949 végéig töltötte be, amikor megszüntették hivatalát, és a Múzeumok és Műemlékek Országos Központjába helyezték át, majd innen került át 1950 őszén a Levéltárak Országos Központjához osztályvezetőnek. A szerény lehetőségek ellenére az új közlevéltári hálózat kiépítésének és megszervezésének feladata hárult rá. Itt sem maradhatott azonban sokáig, 1952 tavaszán egy alkalmi bizottság határozata alapján visszakerült az MMOK-ba, majd egy év múlva elbocsátották. 1953-tól 1961-ig a Gyümölcs- és Főzelékkonzervgyár tervkészítőjeként dolgozott.
1961 és 1964 között a Magyar Történelmi Társulat adminisztrátora lett. 1965 és 1980 között a Központi Statisztikai Hivatal Könyvtárának történeti kutatócsoportjában tevékenykedett. Ekkor pályája már egyenesbe jött, egyetemen adott elő, konferenciákon, nemzetközi szakmai fórumokon és vállalkozásokban vett részt. 1972-ben lett kandidátus, 1981-ben a Magyar Tudományos Akadémia Művelődéstörténeti Bizottságának tagja és a középkori munkabizottsági elnökévé választották. 1984-től 1986-ig középkori magyar történelmet adott elő az ELTE-n, 1985-ben címzetes egyetemi tanár lett, 1986-ban pedig a történelemtudomány doktora.
1992-ben Széchenyi-díjat kapott különösen a magyar középkorkutatás terén végzett munkásságáért, a legfrissebb nemzetközi eredmények, módszerek, megközelítések átültetéséért, eddig elhanyagolt kutatási területek (egyháztörténet) műveléséért. A Magyar katolikus lexikon lektora volt.
Művei
Nyitra megye betelepülése. Budapest, 1938. (Település- és népességtörteneti értekezések 1.)
Levéltáraink sorsa a felszabadulás után, Levéltári Híradó 1, 34-37, 1951
A levéltári anyag védelme. Budapest, 1952. (Levéltári szakmai továbbképző tanfolyami előadásai)
Stredoveké české listiny. Középkori oklevelek. Budapest, 1952. (Magyarországi szláv nyelvemlékek 1.)
K otázke užívania slovenského jazyka na panstvách v 17. storočí. Studia Slavica Academiae Scientiarum Hungaricae, 1955
Topográfia és városi fejlődés a középkori Óbudán, Tanulmányok Budapest Múltjából 13, 1959
Kaschau, eine osteuropäische Handelsstadt am Ende des XV. Jahrhunderts. Studia Slavica Academiae Scientiarum Hungaricae, 1957
Die Wirtschaft des Erzbistums von Grau am Ende des XV. Jahrhunderts. Acta Historica, 1960
Középkori magyar városprivilégiumok, Tanulmányok Budapest Múltjából 14, 1961
Középkori várostörténetünk statisztikai forrásai
Jelentés a II. várostörténeti konferenciáról, Arrabona 6, 249-308, 1964
Die Entstehung des Städtewesens in Ungarn, Alba Regia X, 101–118, 1969
A 15. századi magyar arisztokrácia mobilitása. Budapest, Magyar Országos Levéltár, 1970
Der Aussenhandel Ungarns am Anfang des 16. Jahrhunderts. Köln-Wien, 1971. (Klny. Der Aussenhandel Ostmitteleuropas 1450-1650)
Die Ausbreitung der städtischen Lebensform Ungarns. Oppida im XIV. Jahrhundert. Linz, 1972. (Klny. Stadt und Stadtherr im XIV. Jahrhundert)
A Szentgyörgyi Vincze család, A Veszprém Megyei Múzeumok Közleményei 11, 1972
Uram királyom - A XV. századi Magyarország hatalmasai. Budapest, 1974. 2. kiadás: Budapest, Fekete Sas Kiadó, 2004
Kimondhatatlan nyomorúság. Két emlékirat a 15-16. századi oszmán fogságról. Fügedi Erik szerk. Zsolt Angélával közösen. Budapest, Európa Könyvkiadó, 1976
Steuerlisten, Vermögen und soziale Gruppen in mittelalterichen Städten. Stuttgart, 1980. (Klny. Städtische Gesellschaft und Reformation)
Kolduló barátok, polgárok, nemesek. Tanulmányok a magyar középkorról. Budapest, Magvető Könyvkiadó, 1981
Medieval Coronations in Hungary, Studies in Mediaeval and Renaissance History 3, 1981
Bodor Imre–Fügedi Erik–Takács Imre: A középkori Magyarország főpapi pecsétjei a Magyar Tudományos Akadémia Művészettörténeti Kutató Csoportjának pecsétmásolat-gyűjteménye alapján; MTA Művészettörténeti Kutató Csoport, Bp., 1984
Ispánok, bárók, kiskirályok. A középkori magyar arisztokrácia fejlődése. Budapest, Magvető Könyvkiadó, 1986 (Nemzet és emlékezet)
Kings, bishops, nobles and burghers in medieval Hungary. Ed. by J. M. Bak. London, 1986. (Variorum reprints collected studies series 229.)
Művelődéstörténeti tanulmányok a magyar középkorról; szerk., előszó Fügedi Erik, bev. Köpeczi Béla; Gondolat, Bp., 1986
Tausend Jahre Stephanskrone Budapest, 1988. (tsz. Benda Kálmán)
Az Elefánthyak. A középkori magyar nemes és klánja. Budapest, Magvető Könyvkiadó, 1992. 2. kiadás: Budapest, Osiris Kiadó, 1999
A középkori Magyarország történeti demográfiája; KSH Népességtudományi Kutató Intézet, Bp., 1992 (A Központi Statisztikai Hivatal Népességtudományi Kutató Intézetének történeti demográfiai füzetei)
