Borneó területén található az ázsiai térség egyik legkiterjedtebb, legegybefüggőbb trópusi esőerdőállománya, melynek mérete azonban a maláj ipar, valamint más, multinacionális cégek faigényének köszönhetően napról napra csökken. A világ jelenlegi trópusi fakitermelésének mintegy fele Borneóról származik. A fakitermelésen túl az esőerdők területét tovább csökkentik a folyamatosan szaporodó pálmaültvevények is, melyekből pálmaolaj készül. Jelentős faállomány pusztult el az 1997-ben és 1998-ban a szigeten dühöngő erdőtűz miatt, amelyet vélhetően emberi mulasztás okozott, felelőtlen tűzgyújtás formájában, az El Niño következményeként beköszöntő rendkívül száraz időszakban.
A még meglevő esőerdők jelentik a borneói orangután, valamint több endemikus, ritka faj, mint például a borneói törpeelefánt, a szumátrai orrszarvú vagy a ködfoltos párduc egyetlen természetes élőhelyét. Tény, hogy a sziget Délkelet-Ázsiában egyedülálló természeti értékekkel rendelkezik, és a WWF szerint a legtöbb itt élő fajt a kipusztulás fenyegeti, mivel az indonéz kormány a közelmúltban jelentette be a világ legnagyobb pálmaültetvénye létrehozásának tervét, amely nagyjából Magyarország területének egyötödével lesz egyenlő.
Mindez Jáva túlnépesedésedésének megoldását és a Borneóra telepedő farmerek támogatását szolgálná, ám az esőerdők talajának megfelelősége erősen kétségessé teszi a vállalkozást.
2007. február 19-én a WWF több évtizedes munkájának eredményeként Brunei, Indonézia és Malajzia aláírta a „Borneó Szíve Nyilatkozatot” (Heart of Borneo Declaration). Az aláíró felek arra tettek ígéretet, hogy megőrzik és fenntarthatóan kezelik a világ egyik legértékesebb élőhelyét, a „Borneó Szívének” nevezett esőerdőt. 1996 óta évente átlagosan 2 millió hektár területen vágták ki az erdőt, ami napjainkra eredeti méretének felére csökkent.
Borneó a 15-17. század között élte virágkorát, ekkor a sziget egész területét egyetlen ország, a Brunei Birodalom(wd) irányította. Az európaiak terjeszkedésének köszönhetően a sziget közigazgatási egysége megbomlott, területén a hollandok és a britek osztozkodtak. A mai állapot 1984-ben, Brunei függetlenségének elnyerésével alakult ki.