A Werder Bremen 2003–2004-es szezonja bajnokságot és kupát hozott a csapatnak. A bajnokságban 6 ponttal végeztek a Bayern München előtt, valamint Aílton a 28 góljával a klub történetében a legtöbb gólt szerezte egy szezonon belül. A kupában az Alemannia Aachen ellen 3-2-re megnyert mérkőzéssel hódították el a Német kupát, ahol a mérkőzés hőse Tim Borowski volt. A csapat menedzsere az egész szezon során Thomas Schaaf volt.

Hazai mez

Idegenbeli mez

3. számú mez

• Andreas Reinke
• Pascal Borel
• Alexander Walke

• Ümit Davala
• Viktor Skrypnyk
• Mladen Krstajić
• Ludovic Magnin
• Valérien Ismaël
• Christian Schulz
• Manuel Friedrich
• Paul Stalteri

• Fabian Ernst
• Frank Baumann
• Lisztes Krisztián
• Johan Micoud
• Ivica Banović
• Pekka Lagerblom
• Holger Wehlage
• Tim Borowski
• Simon Rolfes
• Marco Stier
• Stefan Beckert
• Christian Lenze

• Aílton
• Angelos Charisteas
• Ivan Klasnić
• Nelson Haedo Valdez
• Markus Daun
• Marco Reich

• Hertha Berlin-Werder Bremen 0–3
• 0–1 Aílton 18'
• 0–2 Johan Micoud 21'
• 0–3 Aílton 65'
• Werder Bremen-Mönchengladbach 1–1
• 1–0 Aílton 64'
• 1–1 Joris Van Hout 81'
• Kaiserslautern-Werder Bremen 0–1
• 0–1 Johan Micoud 66'
• Werder Bremen-Schalke 04 4–1
• 1–0 Angelos Charisteas 12'
• 2–0 Tim Borowski 27'
• 3–0 Aílton 35'
• 4–0 Nelson Haedo Valdez 81'
• 4–1 Victor Agali 82'
• Borussia Dortmund-Werder Bremen 2–1
• 1–0 Ewerthon 17'
• 1–1 Lisztes Krisztián 41'
• 2–1 Valérien Ismaël 70' (o.g.)
• Werder Bremen-1860 Munich 2–1
• 1–0 Aílton 48'
• 1–1 Markus Schroth 57'
• 2–1 Johan Micoud 66'
• Köln-Werder Bremen 1–4
• 0–1 Johan Micoud 10'
• 0–2 Ivan Klasnić 40'
• 0–3 Paul Stalteri 70'
• 1–3 Matthias Scherz 79'
• 1–4 Angelos Charisteas 90'
• Werder Bremen-Wolfsburg 5–3
• 1–0 Aílton 2'
• 2–0 Aílton 21'
• 2–1 Marino Biliškov 37'
• 3–1 Paul Stalteri 38'
• 3–2 Albert Streit 54'
• 3–3 Miroslav Karhan 55'
• 4–3 Johan Micoud 57'
• 5–3 Ivan Klasnić 58'
• Werder Bremen-Stuttgart 1–3
• 0–1 Szabics Imre 31'
• 0–2 Kevin Kurányi 34'
• 1–2 Angelos Charisteas 59'
• 1–3 Christian Tiffert 90'
• Freiburg-Werder Bremen 2–4
• 0–1 Aílton 14'
• 0–2 Aílton 28'
• 0–3 Johan Micoud 37'
• 1–3 Alexander Iashvili 60'
• 1–4 Ivan Klasnić 65'
• 2–4 Alexander Iashvili 90'
• Werder Bremen-Eintracht Frankfurt 3–1
• 1–0 Aílton 18'
• 2–0 Frank Baumann 25'
• 2–1 Andreas Reinke 66' (o.g.)
• 3–1 Ivan Klasnić 70'
• Hannover-Werder Bremen 1–5
• 0–1 Nelson Haedo Valdez 8'
• 0–2 Nelson Haedo Valdez 37'
• 0–3 Ivan Klasnić 41'
• 1–3 Mohamadou Idrissou 56'
• 1–4 Ivan Klasnić 79'
• 1–5 Fabian Ernst 88'
• Werder Bremen-Bochum 3–1
• 1–0 Aílton 6'
• 2–0 Aílton 14'
• 3–0 Aílton 50' (pen.)
• 3–1 Frank Fahrenhorst 75'
• Hamburg-Werder Bremen 1–1
• 0–1 Fabian Ernst 27'
• 1–1 Christian Rahn 50'
• Werder Bremen-Bayern München 1–1
• 1–0 Aílton 57'
• 1–1 Claudio Pizarro 79'
• Bayer Leverkusen-Werder Bremen 1–3
• 0–1 Aílton 42'
• 0–2 Mladen Krstajić 44'
• 1–2 Jens Nowotny 72'
• 1–3 Lisztes Krisztián 90'
• Werder Bremen-Hansa Rostock 3–0
• 1–0 Aílton 3'
• 2–0 Valérien Ismaël 78'
• 3–0 Lisztes Krisztián 89'
• Werder Bremen-Hertha Berlin 4–0
• 1–0 Aílton 18'
• 2–0 Aílton 30'
• 3–0 Johan Micoud 35'
• 4–0 Nelson Haedo Valdez 90'
• Mönchengladbach-Werder Bremen 1–2
• 1–0 Václav Svěrkoš 51'
• 1–1 Ivan Klasnić 54'
• 1–2 Frank Baumann 90'
• Werder Bremen-Kaiserslautern 1–0
• 1–0 Aílton 90' (pen.)
• Schalke 04-Werder Bremen 0–0
• Werder Bremen-Borussia Dortmund 2–0
• 1–0 Valérien Ismaël 56'
• 2–0 Aílton 85'
• 1860 Munich-Werder Bremen 0–2
• 0–1 Ivan Klasnić 37'
• 0–2 Angelos Charisteas 79'
• Werder Bremen-Köln 3–2
• 1–0 Johan Micoud 16'
• 2–0 Aílton 37'
• 3–0 Aílton 43'
• 3–1 Oliver Schröder 59'
• 3–2 Dirk Lottner 71'
• Wolfsburg-Werder Bremen 0–2
• 0–1 Ivan Klasnić 75'
• 0–2 Johan Micoud 86'
• Stuttgart-Werder Bremen 4–4
• 1–0 Marcelo Bordon 3'
• 1–1 Ivan Klasnić 14'
• 2–1 Marcelo Bordon 25'
• 2–2 Ivan Klasnić 35'
• 2–3 Aílton 43'
• 3–3 Marcelo Bordon 50'
• 4–3 Marco Streller 69'
• 4–4 Aílton 70'
• Werder Bremen-Freiburg 1–1
• 0–1 Dennis Kruppke 1'
• 1–1 Aílton 19'
• Eintracht Frankfurt-Werder Bremen 0–1
• 0–1 Valérien Ismaël 80'
• Werder Bremen-Hannover 0–0
• Bochum-Werder Bremen 0–0
• Werder Bremen-Hamburg 6–0
• 1–0 Sergej Barbarez 17' (o.g.)
• 2–0 Valérien Ismaël 23'
• 3–0 Ivan Klasnić 39'
• 4–0 Aílton 48'
• 5–0 Nelson Valdez 80'
• 6–0 Viktor Skrypnyk 84' (pen.)
• Bayern München-Werder Bremen 1–3
• 0–1 Ivan Klasnić 19'
• 0–2 Johan Micoud 26'
• 0–3 Aílton 35'
• 1–3 Roy Makaay 56'
• Werder Bremen-Bayer Leverkusen 2–6
• 0–1 França 6'
• 0–2 Daniel Bierofka 12'
• 0–3 França 21'
• 1–3 Mladen Krstajić 50'
• 2–3 Aílton 55'
• 2–4 França 61'
• 2–5 Dimitar Berbatov 65'
• 2–6 Oliver Neuville 81'
• Hansa Rostock-Werder Bremen 3–1
• 1–0 Rade Priča 29'
• 1–1 Mladen Krstajić 37'
• 2–1 Mladen Krstajić 47' (o.g.)
• 3–1 Marcus Lantz 74' (pen.)

• Aílton 28
• Ivan Klasnić 13
• Johan Micoud 10
• Angelos Charisteas 4

Statisztika – soccerbase.com