A 2008-as Intertotó-kupa 20. és egyben utolsó alkalommal került megrendezésre. A sorozat az európai kupák harmadik legrangosabb versenye volt, amelyet három fordulóban bonyolítottak le, és 11 csapat számára biztosítottak helyet az UEFA-kupa második selejtezőkörében. A kupa sorsolását az UEFA-székházában, a svájci Nyonban tartották 2008. április 21-én.

Bővebben: 2008-as Intertotó-kupa (1. forduló)

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Dél-Mediterrán régió
KS Besa Kavajë	1 – 1[1]	Ethnikósz Áhnasz[2]	0 – 0	1 – 1
NK Čelik	4 – 4[1]	OFK Grbalj	3 – 2	1 – 2
NK Rijeka	0 – 2	FK Renova[3]	0 – 0	0 – 2
Hibernians FC	0 – 3	ND Gorica	0 – 3	0 – 0
Közép-keleti régió
Zsetiszu FK	3 – 6	Budapest Honvéd FC[4]	1 – 2	2 – 4
FA Mika	2 – 2[1]	FC Tiraspol	2 – 2	0 – 0
Neftçi PFK	3 – 3[1]	FC Nitra	2 – 0	1 – 3
KS Cracovia Kraków	1 – 5	FK Sahcjor Szalihorszk	1 – 2	0 – 3
FC Etzella Ettelbruck	2 – 2[1]	SZK Lokomotivi Tbiliszi	0 – 0	2 – 2
Északi régió
FK Ekranas	4 – 0	JK Narva Trans	1 – 0	3 – 0
HB Tórshavn	1 – 4	IF Elfsborg	1 – 4	0 – 0
Bohemians FC	9 – 3	Rhyl FC	5 – 1	4 – 2
Lisburn Distillery FC	3 – 6	Turun Palloseura	2 – 3	1 – 3
FK Rīga	3 – 2	Fylkir	1 – 2	2 – 0

Bővebben: 2008-as Intertotó-kupa (2. forduló)

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Dél-Mediterrán régió
PFK Csernomorec Burgasz	3 – 1	ND Gorica	1 – 1	2 – 0
OFK Grbalj	2 – 3	Sivasspor	2 – 2	0 – 1
Grasshoppers	5 – 1	KS Besa Kavajë	2 – 1	3 – 0
FK Renova	1 – 3	Bnei Sakhnin	1 – 2	0 – 1
OFK Beograd	2 – 3	Panióniosz	1 – 0	1 – 3
Közép-keleti régió
KFC Germinal Beerschot [5]	1 – 2	Neftçi PFK	1 – 1	0 – 1
Szaturn	8 – 1	FC Etzella Ettelbruck	7 – 0	1 – 1
FC Tiraspol	1 – 3	Tavrija Szimferopol	0 – 0	1 – 3
SK Sturm Graz	2 – 0	FK Sahcjor Szalihorszk	2 – 0	0 – 0
FK Teplice[6]	3 – 3[1]	Budapest Honvéd FC	1 – 3	2 – 0
Északi régió
Turun Palloseura	1 – 4	Odense BK	1 – 2	0 – 2
Hibernian FC	0 – 4	IF Elfsborg	0 – 2	0 – 2
FK Ekranas	1 – 7	Rosenborg BK	1 – 3	0 – 4
FK Rīga	2 – 2[1]	Bohemians FC	1 – 0	1 – 2

1. csapat	Össz.	2. csapat	1. mérk.	2. mérk.
Dél-mediterrán régió
Bnei Sakhnin	1-2	Deportivo La Coruña	1-2	0-1
Panióniosz	0-2	SSC Napoli	0-1	0-1
Sivasspor	0-5	Sporting Braga	0-2	0-3
Grasshopper Zürich	4-0	PFK Csernomorec Burgasz	3-0	1-0
Közép-keleti régió
FK Szaturn Moszkovszkaja Oblaszty	1-3	VfB Stuttgart	1-0	0-3(hu)
Neftçi PFK	2-3	FC Vaslui	2-1	0-2
Rennes	1-1(bp)	Tavrija Szimferopol	1-0	0-1(hu)
SK Sturm Graz	2-1	Budapest Honvéd	0-0	2-1
Északi régió
NAC Breda	1-2	Rosenborg BK	1-0	0-2
Odense BK	2-3	Aston Villa FC	2-2	0-1
IF Elfsborg	1-0	FK Rīga	1-0	0-0

A harmadik fordulóból továbbjutott 11 csapat a 2008–2009-es UEFA-kupa második selejtezőkörébe jutott. E csapatok a következők:

• Aston Villa FC
• Deportivo La Coruña
• FC Vaslui
• Grasshopper Zürich
• IF Elfsborg
• Rennes
• Rosenborg BK
• SK Sturm Graz
• Sporting Braga
• SSC Napoli
• VfB Stuttgart

A csapatok közül a portugál Sporting Braga jutott a legmesszebb (egyedül ők jutottak be a nyolcaddöntőbe) így a portugál csapat a 2008-as Intertotó-kupa győztese.

• 2008–2009-es UEFA-bajnokok ligája
• 2008–2009-es UEFA-kupa

• Az Intertotó-kupa hivatalos oldala (UEFA) (angolul)
• Az Intertotó-kupa oldala Archiválva 2008. május 14-i dátummal a Wayback Machine-ben (angolul)
• Az európai kupák oldala (angolul)
• A 2008-as Intertotó-kupa hivatalos szabályzata (UEFA) (angolul)