Suso je starija zgrada izgrađena na mjestu redovničke pustinje u kojoj je Sveti Emilijan (San Millán) živio. On se slavi kao mjesto gdje su zapisane prve fraze na kastiljanskom španjolskom i baskijskom jeziku u obliku prijevoda s latinskih tekstova, poznatih kao Glosas Emilianenses.[1] Važnost San Millána kao kolijevke španjolskog jezika potvrđuje blizina sela Berceo u kojemu je živio Gonzalo de Berceo, prvi poznati španjolski pjesnik.
Povijest kršćanstva u San Millánu datira od polovice 6. stoljeća kada je postao mjestom hodočašća na svečev grob. Njegov skriptorij je ostao aktivan tijekom cijelog razdoblja muslimanske vladavine, i kroz stoljeća, vjerska zajednica je prevladala razne prijetnje samostanu (kao na primjer pustošenje koje je načinio Edvard Crni Kraljević). Međutim monaški život se razvijao od izvornih pustinjaka do benediktinske zajednice u donjem samostanu Yuso.
Suso je nenaseljen od sekularizacije Španjolske kada su konfiscirani svi crkveni posjedi svih samostana, prema dekretima ministra Mendizábala, u devetnaestom stoljeću.
Početkom 16. stoljeća samostanska zajednica se premjestila u nove zgrade samostana Yuso, ispod starog kompleksa, koji je i danas živa zajednica.
Yuso je sada kuća Augustinske zajednice, ali dio samostana je pretvoren u hotel. Danas samostani San Millán privlače hodočasnike na Putu svetog Jakova (iako se nalazi malo izvan linije službenog puta između Nájera i Burgosa).