שאקירי החל את הקריירה שלו בגיל 8 כאשר הצטרף לקבוצת הילדים של אוגסט, שם שיחק שנתיים עד שהצטרף למחלקת הילדים של פ.צ. בזל. בשנת 2007 הצטרף לקבוצת המילואים של המועדון, שם שיחק שנתיים עד שעלה לקבוצת הבוגרים.
שאקירי ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצת הבוגרים של המועדון ב-12 ביולי2009 כשנכנס כמחליף במשחק נגד סנט גאלן. את שער הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת כבש ב-9 בנובמבר נגד נשאטל גזמאקס במשחק שהסתיים בתוצאה 1–4 לטובת בזל. בעונה זו היה שאקירי שותף לזכיית קבוצתו בדאבל. בעונה שלאחר מכן זכה עם בזל באליפות נוספת, ובעונה שלאחר מכן זכה פעם נוספת עם קבוצתו בדאבל.
ב-9 בפברואר2012 הודיעה בזל על כך שבתום העונה יעבור השחקן לשורות באיירן מינכן אשר שילמה תמורתו 11.6 מיליון אירו.[1] שאקירי חתם על חוזה לארבע שנים תמורת כ-2 מיליון אירו לעונה. הוא התמודד בבאיירן על מקום בהרכב מול שחקנים דוגמת פרנק ריברי, אריין רובן, תומאס מולר וטוני קרוס. שאקירי ערך את הופעת הבכורה הרשמית שלו במועדון ב-20 באוגוסט כשעלה כמחליף במשחק הגביע נגד רגנסבורג שהסתיים בניצחון 0–4 לטובת קבוצתו. שאקירי כבש את השער השני ובישל שני שערים נוספים. בתום העונה זכה עם הקבוצה בטרבל: אליפות הבונדסליגה, הגביע הגרמני וליגת האלופות.
ב-8 בינואר2015 הודיעה באיירן מינכן שהעבירה את שאקירי בהשאלה לשורות אינטר מילאנו תמורת 2 מיליון יורו עד סוף העונה, עם אופציה לרכישה בקיץ עבור 12 מיליון יורו.
ב-11 באוגוסט 2015 עבר לקבוצת סטוק סיטי בעבור 12 מיליון יורו, סכום שיא למועדון באותם ימים.[2] ב-24 באוגוסט ערך את הופעת הבכורה שלו במועדון בתיקו 1-1 מול נוריץ' סיטי. בתום עונת 2017/18 נשרו שאקירי וסטוק אל הצ'מפיונשיפ.
ב-13 ביולי2018 חתם שאקירי בליברפול לחמש שנים.[3]ב-12 באוגוסט ערך את הופעת הבכורה הרשמית שלו במועדון בניצחון 0–4 במחזור הפתיחה של העונה על וסטהאם. את שער הבכורה במועדון כבש ב-27 באוקטובר בניצחון 1–4 על קארדיף. בחודש נובמבר שיחקה קבוצתו במסגרת ליגת האלופות במשחק חוץ בסרביה מול הכוכב האדום בלגרד, שאקירי נותר מחוץ לסגל בשל דעותיו הפוליטיות הפרו-אלבניות.[4] בהמשך העונה היה שותף לזכיית המועדון בליגת האלופות, אך לא שותף במשחק הגמר, לזכייה בסופר קאפ האירופי ובגביע העולם למועדונים.
שאקירי ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת שווייץ ב-3 במרץ 2010 במשחק הידידות נגד נבחרת אורוגוואי שהסתיים בניצחון אורוגוואי בתוצאה 1–3. שאקירי נכלל בסגל נבחרתו במסגרת מונדיאל 2010. ב-7 בספטמבר 2010 כבש את שער הבכורה שלו בנבחרת במשחק נגד נבחרת אנגליה במסגרת מוקדמות יורו 2012 שהסתיים בתוצאה 1–3 לטובת אנגליה. ב-6 בספטמבר 2011 כבש שאקירי שלושער בניצחון נבחרתו בתוצאה 1–3 על נבחרת בולגריה. שאקירי נכלל גם בסגל הנבחרת במסגרת מונדיאל 2014, וכבש שלושער בניצחון של שווייץ על הונדורס 0-3 בשלב הבתים.
ב-25 ביוני 2016, בשמינית גמר יורו 2016, במשחק נגד פולין, הבקיע שאקירי שער בבעיטת מספרת מקצה הרחבה, שער שקבע שוויון 1-1 והביא את המשחק להארכה, שבסופו הפסידה שווייץ בפנדלים.
שאקירי נכלל בסגל הנבחרת במונדיאל 2018 וכבש את שער הניצחון בניצחון של שווייץ על סרביה 1-2 בשלב הבתים, שער שגרר סערה בעקבות החגיגה של שאקירי שחגג עם סמל הנשרים בידיים, הסמל הלאומי של אלבניה.[6] בעקבות המעשה פיפ"א קנסה את השחקן ב-10,000 פרנק שווייצרי בגין "התנהגות לא ספורטיבית הנוגדת את עקרונות המשחק ההוגן".[7]
נכלל בסגל נבחרת שווייץ ליורו 2024.[9] במהלך היורו כבש שער אחד והגיע עם נבחרתו עד רבע הגמר.
בתאריך 15 ביולי 2024 הודיע על פרישה מהנבחרת.
חיים אישיים
שאקירי נולד בחבל קוסובו למשפחה מוסלמית ממוצא אלבני, שהיגרה יחד עם שלושת אחיו בשנת 1992 לשווייץ. אביו לא דיבר גרמנית שווייצרית, ולכן היה עליו לעבוד בשטיפת כלים במסעדות, לפני שעבד בסלילת כבישים. אמו עבדה כעובדת ניקיון בבניין משרדים, שאקירי ואחיו עזרו להורים כלכלית בכך שעבדו בעבודות מזדמנות כבר בגיל צעיר.[10]