בשנת תקל"ג עבר לכהן כרב העיר ניקלשבורג שבמחוז מוראביה. גם לשם העתיק את ישיבתו, בה למדו רבי משה לייב מסאסוב, רבי מנחם מנדל מרימנוב, רבי יצחק אייזיק מקאליב ורבי מרדכי בנעט (אשר כיהן אחר כך כרבה של העיר). בתקופת כהונתו כרב העיר ניקלשבורג היו מאבקים בינו לבין חלק מהקהילה היהודית בעיר שנבעו מהתנגדותם לחסידות. מסופר כי נצרכו לתיווכו של רבי אלימלך מליז'נסק, על מנת לפתור את המחלוקת ולמתן את הטפתו של הרב הורוויץ לתורת הבעש"ט. הנהגתו האישית הייתה בקדושה וטהרה עליונה ובפרישות קיצונית. צדיקים הפליגו בשבחו והיו[1] שהעידו שבכוחו להחיות מתים.
נפטר בא' אייר תקל"ח (1778) ונקבר בניקלשבורג.
משפחתו
ר' שמעלקא היה נשוי לשיינדל בונה בת ר' יהושע הלוי (מנהיג ופרנס ק"ק רישא), בן מרדכי הלוי (מטיסמניץ), בן משה הלוי אב"ד טורבין, בן שמואל הלוי אב"ד פודהייץ, נכד ר' שכנא אב"ד וינה, נכד ר' שכנא אב"ד לובלין חותן הרמ"א