לאחר עליית הנאצים לשלטון, התפרקה הלהקה. בין השנים 1933 ל-1937 היה פטרושקה נגן חצוצרה בתזמורת האגודה היהודית לתרבות (Jüdischer Kulturbund) בברלין וגם הלחין יצירות שונות, בין השאר להצגה "עמך", על-פי שלום עליכם. במהלך הזמן שוב הקים לתחייה את להקת "הברנשים", שהורכבה הפעם מחברי תזמורת האיגוד בשילוב תזמורת של ריקודים. יחד עם להקה חדשה זו ערך בין השנים 1934 ל-1935 הקלטות רבות עבור החברות "אחווה" ו"לוקרפון" (Lukraphon). פטרושקה עבד גם כמעבד מוזיקלי לחברת הסרטים הברלינאית "אוּפא" (UFA) וחברת דויטשה גרמופון. את זאת נאלץ לעשות תחת שמות בדויים, בשל יהדותו. בשנת 1938עלה לארץ ישראל.
היה חבר מייסד, יו"ר, שופט בתחרויות ונציג ישראל בפורומים בינלאומיים רבים בתחומי המוזיקה; חבר באיגוד הקומפוזיטורים בישראל, חבר באיגוד הישראלי לתזמורות נוער וחבר האיגוד הישראלי למוזיקולוגיה; שימש בתפקידים ציבוריים רבים, בהם כנשיא מועדון הרוטרי בירושלים (1966-1965) וכחבר הוועד המנהל של ימק"א הבינלאומית בירושלים; זכה לפרסים ולאותות הצטיינות מרובים, בין היתר בפרס המוזיקה של אגודת אמריקה-ישראל בניו יורק1957. יצירותיו יצאו לאור בישראל ובגרמניה, ובהן מספר יצירות המעידות על קרבתו לאוצרותיה המסורתיים של יהדות הגולה על עדותיה, ממזרח וממערב, וליצירות טקסטואליות.
שבתי פטרושקה נפטר בירושלים ב-1997, בן 94. בסמוך למותו עוד זכה לתואר יקיר ירושלים.
ארכיון כתבי היד וארכיון יצירותיו של שבתי פטרושקה שמורים במחלקת המוזיקה של בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי בירושלים. חומר השייך לתקופה הגרמנית שמור יחד עם אוסף אחותו, השחקנית גינה פטרושקה (Gina Petruschka), בארכיון האקדמיה לאמנויות של ברלין (Akademie der Künste).
