הישג השיא של הקבוצה בליגה הרוסית הוא מקום שני בעונת 2023/2024. קודם הגיעה 3 פעמים למקום השלישי (בעונות 2014/15, 2018/2019, 2019/2020). קבוצת הנוער של המועדון זכתה פעמיים באליפות רוסיה בכדורגל לנוער (בעונת 2017/2018 ובעונת 2022/2023) והקבוצה גם מפעילה קבוצת מילואים בליגת המשנה בשם קרסנודאר-2.
היסטוריה
הקבוצה הוקמה בשנת 2008 ביוזמת סרגיי גאליצקי, איש עסקים מקומי. היא התמודדה בליגה השלישית בחשיבותה במדינה לאחר שקיבלה מעמד של קבוצה מקצוענית מטעם מנהלי איגוד הקבוצות המקצועניות ברוסיה. כבר בעונת הבכורה סיימה במקום החמישי ובעונת 2008 העפילה הקבוצה לליגה השנייה בחשיבותה היא ליגת המשנה הרוסית, בעונת הבכורה ב-2009 התבססה במרכז הטבלה ועונה לאחר מכן החלה להציג כדורגל מרשים כאשר סיימה בצמרת הליגה.
עונת 2008 הייתה עונת הבכורה של הקבוצה כשהתמודדה באזור דרום של הליגה הרוסית השנייה. היא סיימה במקום השלישי המעניק העפלה לליגת המשנה — המועדון שיחק 34 משחקי ליגה, 22 מהם היו ניצחונות ו-6 הפסדים ו-6 שוויונות (תוצאות תיקו). יחס שערים של 23–60 ו-72 נקודות שנצברו במהלך העונה. מלך השערים היה דניס דורוז'קין (14 הבקעות)
עונת הבכורה שלה, ב-2009, בליגה הרוסית הראשונה, הקבוצה סיימה במקום העשירי ושיחקה 38 משחקים, מתוכם 14 ניצחונות, 10 שוויונות ו-14 הפסדים. יחס שערים של 47–50 ו-52 נקודות שנצברו. מלך השערים היה אנדריי מיכייב עם 8 שערים בלבד. בעונת 2010 הקבוצה סיימה במקום החמישי, לאחר 38 משחקים מתוכם 17 ניצחונות, 10 שוויונות ו-11 הפסדים. יחס שערים של 44–60, עם 61 שערים שנצברו במהלך העונה. מלך השערים היה ספרטק גוגנייב עם 17 שערים. ביולי 2010 הקבוצה העפילה לשמינית גמר הגביע הרוסי אחרי ניצחון על טום טומסק. את העונה הראשונה בליגה הבכירה הקבוצה סיימה במקום התשיעי.
לאחר שסיימה את עונת 2013/14 במקום החמישי בליגה הרוסית, הקבוצה התמודדה לראשונה בתולדותיה במפעלים האירופים והעפילה גם לגמר הגביע באותה עונה. בזכות המקום החמישי בליגה היא התמודדה בשלבי המוקדמות לליגה האירופית בעונת 2014/15, כבר בעונת הבכורה שלה באירופה, העפילה הקבוצה לשלב הבתים לאחר שניצחה באופן סנסציוני את קבוצת ריאל סוסיאדד הספרדית, בתוצאה 3:0, זאת לאחר הפסד 0:1 במשחק הקודם.
בעונת 2016/17 העפילה בפעם השלישית ברציפות לשלב הבתים של הליגה האירופית והעפילה עד לשלב שמינית הגמר לאחר ניצחון על פנרבחצ'ה הטורקית, לפני שהודחה על ידי סלטה ויגו הספרדית. רצף ההעפלות לשלב הבתים נקטע בעונת 2017/18 כשקרסנודאר הודחה בשלב הפלייאוף על ידי הכוכב האדום בלגרד (במפגש זה מיכאילו ריסטיץ' הפקיע שער שנפסל על ידי השופטים[1]). באותה עונה גם הודחה בשלב 16 האחרונות של הגביע הרוסי בכדורגל, אם כי בליגה היא הציגה כדורגל משכנע, כאשר נצמדה למקום החמישי בטבלה, עם פיודור סמולוב כמלך השערים של הקבוצה (14 שערים)[2]. בעונת 2018/19, סיימה במקום השלישי ולראשונה בתולדותיה הבטיחה מקום בליגת האלופות, בה הודחה בשלב הפלייאוף.
את עונת 2019/2020 פתחה עם רצף של 8 ניצחונות, במה שמהווה להישג שיא בתולדות הקבוצה והתמקמה בראשות טבלת הליגה. היא סיימה במקום השלישי באליפות והבטיחה השתתפותה במוקדמות ליגת האלופות עונה לאחר מכן. בעונת 2020/2021, העפילה לראשונה בתולדותיה לשלב הבתים בליגת האלופות אחרי שגברה בסיבוב המוקדמות על פאוק סלוניקי והייתה אחד המועדונים הצעירים באירופה להגיע להישג זה[3][4].
בעונת 2022/23 מונה ולדימיר איביץ' למאמן הקבוצה והוליך אותה להעפלה שנייה בהיסטוריה לגמר הגביע הרוסי. תחתיו, קרסנודאר הציגה כדורגל התקפי שסייע לה להיצמד לראשות טבלת הליגה בעונת 2023/2024 ולסיים כאלופת הסיבוב הראשון, אחרי שניצבה בראשות הליגה במשך 11 מחזורים רצופים, שכללו ניצחונות על ספרטק מוסקבה, רוסטוב ואף סחטה שוויון מול זניט.
לקרסנודאר יריבות עירונית עם קובאן במסגרת הדרבי של קרסנודאר, אך מאז 2018 היריבות אינה משמעותית בעקבות ירידת קובאן לליגה החובבנית. מועדון אחר מהעיר קרסנודאר בשם "קובאן" מתמודד בליגת המשנה הרוסית, אך גם הוא אינו מהווה יריב משמעותי.
מאז 2018 התפתחה יריבות מתוחה בין זניט לקרסנודאר וכל משחק ביניהן הוא רוויי שערים ואף פעמיים היו משחקי הכרעת אליפות שבהן זניט ניצחה.
הקבוצה הוקמה על ידי איש העסקים סרגיי גאליצקי[8] מייסד רשת המרכולים מגניט, המממן את מועדון הכדורגל באמצעות חברת המגדנאות שלו Constell Group. במאי 2020 פורסם הרכב מחזיקי המניות בחברה, 66.67% ממניות החברה מצויים בידיו של סרגיי גליצקי באמצעות חברת המגדנאות שלו, 33.33% נוספים מצויים בידי חברת United Capital בבעלות איש העסקים מקסים וראסקין[9].
סמל מועדון קרסנודר הוא בצבעי שחור וירוק. השור מסמל את הנכונות לתקוף, התמדה ועבודה קשה. לוח השחמט מסמל טקטיקה. החצוצרות המורמות - את הקריאה למתקפה. בעוד, הפרסה נועדה למזל טוב. בשנת 2016 הסמל עודכן מעט. הצבע הירוק נעשה כהה יותר, השור נעשה גדול יותר, הקצוות בחלקו העליון השתנו. לכל שאר האלמנטים נוסף מתאר כהה וברור.