סיינפואגוס נולד למשפחה אנרכיסטית בהוואנה. הוא החל ללמוד בבית הספר סן אלחנדרו לאמנות פלסטית, אך עזב את הלימודים בשל קשיים כלכליים, והחל לעבוד כמתמחה בחברת האופנה "אל ארטה". בגיל 16 החל גם בפעילות פוליטית, כשהצטרף להפגנות נגד העלאת תעריפי הנסיעה בתחבורה ציבורית.
ב-1953 היגר סיינפואגוס לארצות הברית, אך בשל מה שהגדיר כניצול העובדים בה, שב לקובה. לאחר שובו, הצטרף לתנועת סטודנטים מחתרתית שהתנגדה לשלטונו של פולחנסיו בטיסטה. ב-7 בדצמבר1955 אף נפצע מירי המשטרה במהלך הפגנה. לאחר שלא הצליח למצוא עבודה וסבל מהטרדות המשטרה, שב לארצות הברית והתגורר לזמן מה בניו יורק. בהמשך נסע למקסיקו, שם פגש את פידל קסטרו, שעסק בהכנות למהפכה. בנובמבר 1956 הצטרף ל-81 מהפכנים נוספים שעלו על סיפונה של הגראנמה, שהביאה אותם לקובה.
במהלך המהפכה הקובנית
המורדים נחתו בפלאיה לאס קולוראדאס שבחופה הדרום מזרחי של קובה, במחוז אוריינטה, ב-2 בדצמבר, והחלו לעשות דרכם לכיוון סיירה מאסטרה. בדרכם נתקלו בכוחות צבא, שהרגו את רובם. היתר, ובהם סיינפואגוס, הצליחו להימלט בקבוצות קטנות. לאחר חודש התאחד עם קסטרו בסיירה מאסטרה.
במהלך 1957 היה סיינפואגוס לאחד ממנהיגי המהפכה, וקיבל את הדרגה "קומנדנטה" (comandante). לאחר כישלון מבצע וֶרָאנוֹ של בטיסטה, פתחו המורדים במתקפת נגד. סיינפואגוס עמד בראש אחד משלושה טורים שנעו מערבה, לכיוון סנטה קלרה. הטור בפיקודו יצא לכיוון בסיס צבאי ביגואחאי, והוא כלל 60 לוחמים בלבד (כרבע מכלל כוחותיו של קסטרו). הוא צבר תמיכה רבה בדרכו, ועד הגיעו ליגואחאי כבר מנה הטור קרוב ל-500 לוחמים. ב-19 בדצמבר החלה מתקפתו של סיינפואגוס על המחנה. כוחות הצבא בפיקודו של אבון ליי הצליחו להדוף אותה. חרף ניסיונות חוזרים ונשנים, תוך שימוש בטרקטור שחומש בקנה בקליבר של 50 מ"מ, וכונה "הטנק", לא עלה בידו של סיינפואגוס להשתלט על המחנה. בסופו של דבר, ב-30 בדצמבר, אזלה התחמושת שהייתה בידו של ליי, והוא נאלץ להיכנע. לניצחון בקרב זה הייתה חשיבות מוראלית גבוהה למורדים. למחרת, חבר סיינפואגוס לגווארה בסנטה קלרה, בקרב שסימן את ניצחון המהפכנים.
לאחר עלייתו של קסטרו לשלטון, הצטרף סיינפואגוס לשורות הצבא וסייע בדיכוי התקוממויות נגד הממשל החדש. ב-28 באוקטובר1959 עלה על טיסה מקמגואיי להוואנה. מטוסו נעלם מעל הים הקריבי, ולאחר מספר שבועות של חיפושים, הוכרז כמת. לפי שמועות שונות, מטוסו הופל בהוראתו של קסטרו או בשל טעות בזיהוי של חיל האוויר הקובני, אך היסטוריונים סבורים כיום כי מדובר בתאונה[1].
הנצחה
לאחר מותו הוקם מוזיאון לזכרו ביגואחאי. המוזיאון כולל את תיאור הקרב ביגואחאי ופריטים הקשורים בעברו. על גג המוזיאון הוקם פסל גדול בדמותו.
דמותו של סיינפואגוס מופיעה על שטרות בערך של 20 פסו ועל מטבעות בערך של 40 סנטים.
מדי שנה, ב-28 באוקטובר, נוהגים תלמידי בתי ספר להשליך פרחים לים או לנהר, לציון יום מותו.
