בשנת 1660 נבנתה הקהילה היהודית מחדש תחת חסות המלך הפולני יאן השני קזימייז' (Jan II Kazimierz Waza).
בשנת 1795 היה מספרם של יהודי קובל 811 נפש, כ-38% מכלל אוכלוסיית העיר.
במהלך המאה ה-19, הפכה קובל למרכז עירוני-מסחרי. הרב מאיר אוירבך שימש כרב הקהילה החל משנת 1840 לערך.
האוכלוסייה היהודית הלכה וגדלה וכעבור כמאה שנים, בשנת 1897 היה מספרם של יהודי קובל על פי מפקד האוכלוסין הרשמי, 8,521 נפש, כ-48% מכלל תושבי העיר. התפתחות העיר המהירה והזינוק במספר היהודים מוסבר בסלילת מסילת הברזל.
למרות הסבל שעבר על יהודי העיר בסוף מלחמת העולם הראשונה, כשהשלטון בעיר עבר מיד ליד, הלך מספרם וגדל ובשנת 1921 מנתה אוכלוסיית היהודים 12,758 נפש, כ-61.2% מכלל אוכלוסיית העיר.
ליהודים היה חלק נכבד בתעשייה, ביצורסחורות כמו בירה ועור, בבנייה ובבעלות על חנויות. הם היו פעילים במסחר הסיטונאי והקמעונאי בעיר ובסביבתה. כמחצית מחברי מועצת העיר היו יהודים והשלטונות הפולניים הרשו להם לבחור מתוכם את סגן ראש העיר.
בין שתי מלחמות העולם, ארגן הבונד איגודים מסחריים בקובל, והייתה לו השפעה מכרעת על חיי היהודים. קובל שימשה כמרכז ציוני-חלוצי. בעיר פעלו מגוון של מפלגותציוניות שאף השתתפו בקונגרסים הציוניים.
תנועות נוערציוניות-חלוציות-פעילות הוקמו עוד בשנות ה-20 המוקדמות. מאות רבות מבני הנוער של העיר לקחו חלק בהן ורבים מהם (כמעט 1000 איש עד פרוץ המלחמה) עלו ארצה לאחר מחנות עבודה והכשרות למיניהן.
מעבר להגירה לארצות המערב, מאות רבות של בני נוער קיבלו את ברכת הוריהם ועלו ארצה בצורה לגלית ואי-לגלית. ראשוני החלוצים הקובלאים עלו בסוף המאה ה-19 ועד לסוף שנת 1939, בה נסגרו הגבולות עם העולם החופשי, נמשך זרם העלייה לארץ ישראל.
האנטישמיות בקובל בתקופת השלטון הפולני הייתה מורגשת בחיי היום-יום בעיקר מתחת לפני השטח.
אימת הגויים מפני "העולם התחתון" היהודי שפעל בצד בני תנועות הנוער החלוציות, לא נתנה לאנטישמיות להרים ראש.
בשנות ה-30, למרות הדיכוי הכלכלי הפולני, שגשגה לצד הפעילות הציונית הנרחבת, גם פעילות תרבותית- אינטלקטואלית של יהודי העיר. שני שבועונים מקומיים ביידיש יצאו לאור, הוקמו גני ילדים ושלושה בתי ספר יסודיים עבריים. עם מוסדות החינוך העל-יסודי נמנו הגימנסיה העברית – "תרבות", בית הספר יהודי-פולני פרטי של קלרה ארליך, ובית ספר מקצועי יהודי- של רשת "אורט". בעיר פעל תיאטרון בעברית סטודיה "הבימה", ספרייה בעברית וביידיש, וחוג דרמטי ביידיש.
ראויה לציון העזרה ההדדית בקהילה- הקמת מוסדות בריאות והזנה לעניים ושיכון ליתומים ולזקנים. עזרה לנזקקים הגיעה גם מארגון הג'וינט. בעיר הוקם בית חולים יהודי, עשרות בתי כנסת גדולים וקטנים היו פזורים בעיר העתיקה ובעיר החדשה, תלמודי תורה, בנקים יהודיים וכו'.
בערב מלחמת העולם השנייה, שלהי שנת 1939, מנתה אוכלוסיית היהודים בעיר כ-17,000 נפש. מספר זה הלך וגדל והגיע ליותר מ-20,000 נפש, לאחר הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, כאשר אלפי פליטים יהודיים הגיעו לקובל ממערב פולין, מעבר לנהר הבוג המערבי. הקהילה היהודית הגישה עזרה לפליטים שחלקם נשאר והתאקלם בעיר וחלקם המשיך בנדודיהם מזרחה. החיים בעיר השתבשו כליל. חנויות נסגרו, המסחר החוקי פסק, רבים ישבו באפס מעשה. חלק מהסוחרים והפליטים נשלחו לסיביר. התנועה הציונית ירדה למחתרת, עם כניסת הרוסים לעיר ניסו עשרות בני נוער לחצות את הגבולות. בערב כניסת הנאצים לקובל, בסוף יוני 1941, נמלטו למעלה מ-600 צעירים ברכבות האחרונות למזרח, למעמקי ברית המועצות.
שואת יהודי קובל
קובל נכבשה על ידי הגרמנים בין 27 ל-28 ביוני1941. באותו יום נתפסו ונורו למוות בחוצות העיר 80 יהודים. באמצע יולי 1941 הוקם היודנראט. כמה שבועות לאחר מכן אספו הגרמנים 200 ספרי תורה מכל בתי הכנסת שבעיר ושרפו אותם. במפקד שנערך במצוות הגרמנים נמנו כ-20 אלף יהודים בקובל, כולל הפליטים שברחו לעיר ב-1939. מעריכים שעד סוף שנת 1941 נרצחו כאלף מיהודי העיר.
הגטאות בקובל הוקמו רק לקראת סוף מאי 1942, מאוחר הרבה יותר מערים אחרות, היות שמנהיגי הקהילה הצליחו לשחד את מפקד העיר קמפף בכסף וברכוש רב. מעשיו של קמפף התגלו לגרמנים, והוא הוצא להורג. המפקד החדש היה קסנר, רוצח וסדיסט, ומצב היהודים הורע לאין שיעור. ידוע על מספר התנגדויות של צעירים ועל אחדים שברחו מהעיר לפני ואחרי הקמת הגטאות. חלקם הצטרפו לפרטיזנים ביערות, שרובם היו לאומניים ואנטישמיים וטבחו בבורחים.
שני גטאות הוקמו בקובל. הגטו של "הבלתי מועילים" הוקם בעיר העתיקה, ומספר ימים אחר כך, ב-2 ביוני1942, התקיימה בו האקציה, שוכני הגטו קובצו בכיכר המצעדים, הוקפו על ידי המוני אוקראינים והמיליציה שבפיקודו של רב-המרצחים מאנטיי. מאות נטבחו במקום והיתר נלקחו אל גיא ההריגה, צפונית לעיר, ביער שליד הכפר הסמוך בכובה (Бахів). שלושה ימים נמשך הרצח, במספר בורות שהוכנו מראש על ידי חיילים שבויים רוסיים.
הגטו השני של "המועילים" הוקם ב"חולות" (אזור העיר החדשה של קובל בו שכנו היהודים). בתחילת אוגוסט1942 נצטוו שוכני הגטו לעבור לגטו בעיר העתיקה, שהתפנה. גם הם נשלחו אל גיא ההריגה בבכובה ב-19 באוגוסט אותה שנה (ו' באלולתש"ב). מלאכת הרצח נמשכה. במשך חודשים עסקו פלוגות משטרה של גרמנים ואוקראינים בחיפוש אחר יהודים נמלטים שהסתתרו בבונקרים, בעליות-גג וביערות. מאות רבות של יהודים נתפסו, הובאו לבית הכנסת הגדול בקובל, שם רוכזו לפני שנטבחו בבורות שנאלצו לחפור במו-ידיהם בבית הקברות היהודי החדש שבשולי העיר.
בעת שהותם הקצרה של היהודים בבית הכנסת הגדול הם חרתו על הקירות מאות צוואות וקריאה לנקם. הם עשו זאת באמצעות ציפורניהם, דמם, או בכל חפץ שהיה בידם. מתי המעט שעלה בידם להינצל מסרו עדות על גודל הזוועה.
על הריסות יהדות קובל
עם שחרור העיר בידי הצבא האדום ב-7 ביוני1944 נמנו בעיר 40 יהודים בלבד.
באתר הרצח בגיא שביער בכובה אותרו ביוני 1944 על ידי ועדת חקירה סובייטית מקומית 4 בורות גדולים. מתוך הדו"ח:
"אנו הערכנו שבור מס' 1 שמידותיו 40x10x4 מטר מכיל לא פחות מ-9,000 גוויות נשים וילדים, כולם ערומים. נראים לעין חורים מכדורי ירי שחדרו דרך עורפם ויצאו דרך הפה או מצדי האף. אנו צפינו במראות שוברי לב. ראינו אישה בוגרת המחבקת ילד קטן וגם הוא מקיף בידיו הקטנות שלו את צווארה. הייתה הבעת חרדה על פניה. הכל נשמר היטב בזכות האדמה החולית והיבשה ובשל עומק הבורות".
רבי-המרצחים של יהדות קובל, קסנר ומאנטיי, נתפסו בגרמניה בשנת 1964. בשנת 1966 נידונו הרוצחים למאסר עולם.
בשנת 1970 נמנו בעיר 250 יהודים.
בית הקברות היהודי החדש בקובל, שבו נרצחו מאות רבות של יהודים, נותר שומם ומוזנח. במשך השנים המצבות נותצו ונגנבו, והמקום נהרס סופית בפקודת השלטונות הסובייטים בשנות ה-80, ועל הריסותיו הוקם היכל תרבות.
בית הכנסת הגדול ניצב על כנו עד היום. הקירות עם החריתות סוידו כבר בשנת 1945, הסמלים היהודיים החיצוניים נעקרו, והקירות טויחו. בקומה שנייה, על בסיס "עזרת הנשים", נבנתה מתפרה. בקומת הקרקע קיימים מחסנים.
במרכז העיר החדשה והישנה קיימים כיום מבנים נוספים, אך מועטים, המצביעים על עברה המפואר של יהדות קובל שחרבה. אין בעיר קהילה יהודית, ובמפקד האוכלוסין משנת 2001 לא התפקד שום תושב כיהודי. פחות ממניין יהודים, רובם ככולם מתבוללים, חיים בעיר, נכון לשנת 2012.
הנצחת הקהילה היהודית
בשנת 1945 הוקם ארגון יוצאי קובל בארץ ישראל. בשנות ה-50 ניטעה חורשה לזכר קדושי קובל ביער הקדושים בהרי יהודה. בשנת 1957 יצא לאור "ספר קובל" המנציח את קורות הקהילה. בחג החנוכה 1970 נחנך בהיכל ווהלין שבגבעתיים חדר קובל- חדר להנצחת העיר וקדושיה. בקיץ 1983 הונחה מצבה לזכר הנספים בבית העלמין הדרום. במהלך הטקס נטמן אפר שהובא מיער בכובה.
בשנת 1990 הוקמה מצבה משיש שחור בגיא ההריגה ביער בכובה. בטקס גילוי המצבה השתתפו גם יהודים מקומיים. בקיץ 1999 הוסר הלוט מדגם בית הכנסת הגדול המוצב בהיכל ווהלין. החל משנת 2003 מתקיימת פעילות שוטפת של הנצחת הקהילה במסגרת חוברות מידע והנצחה. בשנת 2007 הקמת אתר אינטרנט ובו שיחזור מפת העיר היהודית, רשימות של לוחמים בנאצים, ניצולים וחלוצים בני העיר.