בלקובסקי זכה למדליית זהב על חיבורו "Залог по Римскому Праву". לאחר שסיים את לימודיו ב-1889, הוצעה לבלקובסקי משרת פרופסורה – אשר דחה, היות שזו הותנתה בהתנצרותו. בהמשך, לא קיבל רישיון לעסוק בעריכת דין על רקע יהדותו.[1]
ב-1892 בעת ששהה בגרמניה נפגש בלקובסקי באקראי עם אחד ממרציו באוניברסיטת אודסה, פרופ' סבשניקוב,[דרושה הבהרה] אשר נלווה לביקורו של שר החינוך הבולגרי גאורגי ז'יבקוב (Георги Живков). ז'יבקוב תר בין היתר אחר מועמד למשרת פרופסור למשפטים באוניברסיטת סופיה, ובהמלצת סבשניקוב הוצעה המשרה לבלקובסקי. ממשלת בולגריה בראשות סטפן סטאמבולוב אישרה את המינוי, עניין שהיה חסר תקדים בנסיכות הבולגרית משום היותו של בלקובסקי נתין זר ויהודי.[1] בהגיעו לסופיה למד את השפה הבולגרית והרצה בנושאי כלכלה פוליטית וההיסטוריה של המשפט הרומי. בסופיה פרסם (בבולגרית) מספר חיבורים, ובהם "היסטוריה של המשפט הרומי" (1895) ו"כלכלה פוליטית" (1896). במקביל לכך, היה פעיל בהפצת תעמולה ציונית, וב-1897 פרסם בסופיה בעילום שם מנשר שכותרתו Appel an das Judenthum und Seine Getreuen Söhne (בגרמנית, בצרפתית, בעברית ובספרדית). כמו כן היה בלקובסקי מראשי הארגון הציוני "פרוגרס - השחר" ועם הגיעו של יוסף מרקו ברוך לסופיה נפגש עמו מספר פעמים והוזכר לא אחת במכתביו של מרקו ברוך.
בלקובסקי היה מקורב מאוד לנסיך פרדיננד הראשון ובעצתו הקציב פרדיננד סכום של 1,000 לבות אותו העביר בלקובסקי ליוסף מרקו ברוך כדי שיוכל להמשיך ולהפיץ את עיתונו "הכרמל". ב-1896 הוקם הוועד הציוני המרכזי בסופיה ובלקובסקי התמנה ליושב ראשו. ב-17 ביוני1896 הגיע בנימין זאב הרצל לביקור בבולגריה ובלקובסקי היה מבין מקבלי פניו. מבולגריה המשיך ד"ר הרצל לאיסטנבול ובשובו חלף שוב דרך סופיה, התקבל על ידי בלקובסקי, אשר ליווה אותו לאחד מבתי הכנסת, שם נאם בפני קהל של 2,000 מבני הקהילה.[2] ב-1897 סיים צבי בלקובסקי את עבודתו בסופיה והשתקע בפריז.
ב-1903 היה מהמתנגדים הקיצוניים לתוכנית אוגנדה, ושלל כל תוכנית ליישוב יהודים מחוץ לארץ ישראל. לאחר מהפכת אוקטובר הוסיף בלקובסקי לתמוך ברעיון הציוני, ונתמנה ליו"ר הוועד הציוני המרכזי ברוסיה, שפעילותו הייתה אז מחוץ לחוק.
צבי הירש בלקובסקי נפטר בראשית 1948 בתל אביב, ונטמן בהלוויה רבת-משתתפים[3] בבית הקברות טרומפלדור לצד אשתו, אסתר בלקובסקי לבית זוסמן, שנפטרה בקיץ 1946 בגיל 80. הותיר בת, יהודית בֶּם (בעהם), אשר הייתה נשואה לד"ר אריה בעהם.
