בדצמבר 2020 הפרויקט הוקפא והוחלט לבנות אותו במיקום חדש עקב הקמת קו רכבת קלה בסמוך למתחם שמשפיע על השיקולים הביטחוניים[6]. בספטמבר 2021, נשקלה העברת המיזם למקום חילופי[7]. מיזם אלמוג הוחלף במיזם שירה[2].
ב-20 ביוני2013 הוחלט לקדם את התב"ע, מאחר שלמקום מתוכננים לעבור מתקנים ממשלתיים אחרים. ב-15 בדצמבר של אותה שנה הוחלט להקים ועדה ציבורית שתבחן את הקמת המבנה[10]. במאי 2014 חזרה הממשלה ואישרה את קידום המיזם, בעקבות המלצת הוועדה[11].
באוקטובר 2015 הוצגה התוכנית החדשה להקמת הפרויקט, לאחר שעודכנה במהלך השנים שעברו מאז אישורה הראשון[3].
מכיוון שהתוכנית המקורית של האדריכל רם כרמי הזכירה בצורתה חיץ נקבייםנקבי[3], בשנת 2015 הוצע עיצוב חדש ומאופק על ידי האדריכלית עדה כרמי-מלמד (אחותו של כרמי, אשר נפטר בשנת 2013). התוכנית זכתה לאישור הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה[12][3] בנובמבר 2015[13]. האישור הסופי לתוכנית, על פיו ניתן להוציא את היתרי הבנייה, התקבל בינואר 2017, והעלות המוערכת לפרויקט עודכנה לכמיליארד שקל[14].
באוגוסט 2020 פרסם מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, דו"ח המבקר את ההתנהלות התקציבית ואת תכנון המיזם. על אף ההסכמה בדבר נחיצותו של הפרויקט והצורך בקידומו של מבנה חדש, דו"ח המבקר מציין שתהליך תכנונו טרם הושלם[15].
בדצמבר 2020, הגישה המדינה לוועדה המקומית לתכנון ובנייה הסתייגות לפרויקט הכניסה לעיר, עקב ההשלכות הביטחוניות של היקפי הבינוי של המגדלים בתוכנית. החשש הוא שמהמגדלים ניתן יהיה לראות את המבנים של "פרויקט אלמוג"[6]. הפרויקט הוקפא והוחלט לבנות אותו במיקום חדש עקב הקמת קו רכבת קלה בסמוך למתחם שמשפיע על השיקולים הביטחוניים[6].
בספטמבר 2021, נשקלה העברת המיזם למקום חילופי[7]. מיזם אלמוג הוחלף במיזם שירה[2].