בשנת 1276 מת אביו ופדרו עלה לשלטון במקומו בממלכת אראגון. מיד לאחר עלייתו לשלטון, הוא נאלץ להדוף התקוממות מצד האוכלוסייה המורית של ולנסיה ומסע של רוזני פואה. בשנת 1278 הוא הכריח את אחיו חיימה השני, מלך מיורקה להישבע לו שבועת אמונים. ב-1281 הוא הוביל מסע לתוניס, ונחת שם ב-1282 בראש צי עם 15,000 לוחמים.
כדי לעמוד בעלויות המלחמה, הוא נאלץ עד מהרה להגדיל את זכויות האצילים האראגוניים, אך הצליח להתייצב מול צרפת ונאפולי בסיוע קסטיליאני ויווני. מאחר שהאפיפיור היה בצד של שושלת אנז'ו הצרפתית ופדרו השלישי. השתייך למפלגה האנטי-אפיפיורית הגיבלינית של השטאופנים, הוא הוחרם ב-18 בנובמבר1282 על ידי האפיפיור מרטינוס הרביעי, חרם שנותר כמאה שנה עבור סיציליה ושליטיה. בשנה שלאחר מכן הדיח האפיפיור את פדרו והכתיר במקומו את שארל, רוזן ולואה, בנו של פיליפ השלישי, מלך צרפת. גם בממלכת אראגון. בתמיכת האפיפיור, פיליפ הוביל מסע צלב נגד פדרו בשנים 1284–1285, שהסתיים ללא הצלחה.
כדי ליישב סכסוכים בין יהודים מקהילות ספרדיות שונות, פנה פדרו לרשב"א, אז רבה של ברצלונה.
פדרו השלישי מת ב-11 בנובמבר1285 ונקבר בקבר מלכותי במנזר הציסטרסיאני Reial Monestir de Santa Maria de Santes Creus במחוז טרגונה. בנובמבר 2009, מדענים מהמוזיאון הקטאלני להיסטוריה (Museu d'Història de Catalunya) הצליחו להוכיח שקברו לא נשדד באמצעות מצלמת אנדוסקופיה.
משפחתו
מנישואיו עם קונסטנצה פון הוהנשטאופן נולדו לו הילדים הבאים: