לאחר פרישתו של יאקובנקו ממשחק פעיל עבר לאימון ואימן תחילה את קבוצת הכדורגל מטאלורג ניקופול מהליגה השנייה באוקראינה. בהמשך אימן קבוצות מהליגה הרוסית ואת הנבחרת הצעירה של אוקראינה.
ליאקובנקו שני בנים: אולכסנדר (יליד 1987) ויורי (יליד 1993). שניהם כדורגלנים מקצועיים. אולכסנדר שיחק בקבוצות אנדרלכט וראסינג גנק מהליגה הבלגית. יורי שיחק בקבוצת אסביירג מהליגה הדנית. שניהם שיחקו בנבחרות הנערים, נוער והצעירה של אוקראינה.