לאחר שנתיים בהן שיחק כבלם בהרכב הראשון, נאלצה נאפולי, אשר הייתה שרויה במשבר כספי, למכור את קנבארו, ובקיץ 1995 הצטרף לקבוצת פארמה, מחזיקת גביע אופ"א. פארמה הייתה באותה עת אחת הקבוצות החזקות בסרייה A. יחד עם המגן ליליאן טוראם והשוער ג'אנלואיג'י בופון ובהדרכתו של המאמן קרלו אנצ'לוטי יצרו קנבארו וחבריו את ההגנה החזקה ביותר בליגה האיטלקית. ב-1997, סיימה הקבוצה במיקום הגבוה בתולדותיה – המקום השני, מרחק נקודה אחת בלבד מהאלופה יובנטוס. בשבע שנותיו במועדון, זכה קנבארו בגביע אופ"א ובגביע האיטלקי (שניהם בעונת 1998/1999).
בקיץ 2002, נמכר לאינטר מילאנו תמורת 32 מיליון אירו. אולם השנתיים בהן שיחק ב"נראזורי", אשר אומנו על ידי הקטור קופר, נחשבו כאכזבה יחסית. יכולתו הייתה בינונית והוא סבל מפציעות רבות. בקיץ 2004, אחרי אליפות אירופה לאומות, בה נכשלה נבחרת איטליה (כולל קנבארו ששיחק במדיה) כישלון חרוץ, הציע לו המאמן פאביו קאפלו חוזה ביובנטוס, אותה החל אז לאמן. לקנבארו יועד תפקיד מרכזי בקבוצה המחודשת שבנה קאפלו. הוא חזר לשתף פעולה עם ליליאן טוראם וג'אנלואיג'י בופון, חבריו מפארמה ויחדיו הם יצרו שוב את קו ההגנה המצטיין של הליגה האיטלקית.
שתי העונות שלו ביובנטוס הסתיימו בשתי אליפויות. הגנת יובנטוס נחשבה באותן שנים כאחת מהחזקות ביותר בכל אירופה, מעמדו של קנבארו עלה והוא ביסס את מעמדו כאחד מטובי הבלמים בעולם.
ביוני 2010 חתם קנבארו על חוזה באל-אהלי דובאי, אך נופה מהקבוצה כעבור שנה.
ביולי 2011 הודיע על פרישתו מכדורגל.
נבחרת לאומית
מהיותו נער, שיחק קנבארו בכל הנבחרות הצעירות של איטליה. הוא אף היה שותף לנבחרת עד גיל 21, אותה אימן צ'זרה מאלדיני, אשר זכתה בשתי אליפות אירופה רצופות (1994, ו-1996). בקיץ 1996 הוא נטל חלק באולימפיאדת אטלנטה במדי הנבחרת האולימפית. את חולצת הנבחרת הבוגרת הוא לבש לראשונה בינואר 1997, במשחק מוקדמות מונדיאל 1998 נגד צפון אירלנד. מאז ועד היום קנבארו נחשב כמעוז ההגנה האיטלקית, לרוב, לצד אלסנדרו נסטה אשר מרכיב יחד עמו קו הגנה הנחשב לאחד הטובים ביבשת. קנבארו השתתף במונדיאל 1998, בו הודחה איטליה בדו-קרב בעיטות עונשין מול המארחת והאלופה צרפת. ביורו 2000 שוב נוצחו האיטלקים על ידי הצרפתים, הפעם בגמר. במונדיאל השני של קנבארו, מונדיאל 2002, הודחו קנבארו והנבחרת האיטלקית בשמינית הגמר על ידי קוריאה הדרומית.
במונדיאל 2006 איטליה לא הבריקה במיוחד בשלב הבתים המוקדמים, אבל הציגה הגנה חזקה בראשותו של קנבארו וספגה רק שער אחד עד למשחק הגמר, וגם זה היה שער עצמי. במהלך הטורניר ערך קנבארו את הופעתו ה-95 ובכך הפך לשחקן עם מספר ההופעות הרביעי בגודלו בנבחרת. במשחק הגמר, אשר התעלה לרמה גבוהה של ההגנות, ניצחה לבסוף איטליה לאחר הארכה ודו-קרב בעיטות עונשין. קנבארו, הקפטן הוותיק של נבחרת איטליה, זכה לקבל לידיו את גביע העולם ולהניפו לקול תשואות האוהדים האיטלקיים.
היו לו 136 הופעות (מתוכן ב-70 היה קפטן) והוא שיאן ההופעות של נבחרת איטליה בכדורגל.
קנבארו נשוי לדניאלה ולהם שלושה ילדים. גם אחיו של פאביו, פאולו קנבארו, היה כדורגלן ושיחק עד 2017 במועדון ססואולו כמגן. ב-2007 יסדו פאביו קנבארו והכדורגלן בן עירו, צ'ירו פרארה, קרן שמטרתה לסייע ברכישת ציוד מחקרי וציוד ניתוחי למחלת הסרטן לבתי חולים בעירם, נאפולי.
בפברואר 2015 נידון לעשרה חודשי מאסר בפועל בשל כניסה לנכס שהוחרם ממנו על ידי המשטרה.[1]
