את שנותיו הראשונות ככדורגלן החל במועדונים קטנים בליגות הנמוכות באיטליה. ב-1995 חתם בפרוג'ה מהסרייה ב' ממנה הושאל לעונה אחת לקבוצת קארפי.
בעונת 1998/99 שיחק באנגליה במדי אברטון, ולאחר עונה אחת באי הבריטי חזר לפרוג'ה, הפעם בסרייה א'. בעונת 2000/01 כבש במדיה 12 שערים ובכך שבר את שיאו של דניאל פסארלה למספר השערים הגבוה ביותר לשחקן הגנה בעונה אחת בסרייה א'. הישג זה בפרט, והעונות הטובות בפרוג'ה בכלל, הביאו לרכישתו בעונת 2001/02 על ידי אינטר מילאנו תמורת 10 מיליון אירו. במדי אינטר היה שותף לארבע זכיות בגביע האיטלקי ו-5 אליפויות.
בתקופתו בפרוג'ה התבלט מטראצי בזכות יכולותיו הטכניות הגבוהות ביחס לבלם, שהתבטאו בבעיטות חופשיות מצוינות ברגל שמאל, ובמסירות ארוכות מדויקות לעבר שחקני ההתקפה.
מאז הגיע לאינטר היה מטראצי מעורב בכמה תקריות אלימות במהלך משחקים, ובאחת מהם אף הורחק לתקופה של חודשיים מהמגרשים. תקריות אלו הוציאו לו שם של שחקן קשוח ולעיתים אף אלים ו"מלוכלך", אם כי עונש ההרחקה הנ"ל והתברגותו כגורם מרכזי בקבוצה גרמו לו לעדן מעט את סגנון משחקו.
בעונת 2009/10 זכה מטראצי בטרבל היסטורי עם אינטר, ואף זכה להשתתף כמחליף בגמר ליגת האלופות כשנכנס בדקות האחרונות של המשחק והחליף את דייגו מיליטו.
למונדיאל 2006 הגיע מטראצי כמחליף על ספסל הנבחרת, אך לאחר פציעתו של אלסנדרו נסטה עלה בהרכב במשחק השני בשלב הבתים נגד צ'כיה. באותו משחק כבש שער ראשון במדי הנבחרת, אך במשחק הבא הורחק ונעדר ממשחק שמינית הגמר מול אוסטרליה. הוא שב להרכב במשחק רבע הגמר והגיע עם הנבחרת עד הגמר, תוך שהוא נוטל חלק בחצי הגמר מול המארחת גרמניה.
במשחק הגמר מול צרפת השווה מטראצי ל-1:1 לאחר יתרון צרפתי מפנדל מוצלח של זינדין זידאן. תוצאה זו נשמרה עד תום 90 הדקות והמשחק המשיך להארכה. בתום 120 דק' נותרה התוצאה 1:1 ומשחק הגמר הגיע לבעיטות הכרעה מ-11 מטר וגם שם כבש מטראצי כשהיה הבועט השני של האיטלקים. החמצה של דויד טרזגה ובעיטה מוצלחת של פאביו גרוסו הביאו לניצחון איטלקי ולזכייה רביעית של נבחרת איטליה בגביע העולם. מטראצי היה הנציג היחיד של אינטר בנבחרת.
תקרית הנגיחה של זידאן
במהלך ההארכה של גמר המונדיאל, היה מטראצי מעורב באחד האירועים יוצאי הדופן בהיסטוריה של המונדיאל: במהלך התקפה צרפתית קלטו מצלמות הטלוויזיה את קפטן נבחרת צרפת זינדין זידאן ומטראצי מחליפים ביניהם דברים וכמה שניות אחר-כך נראה זידאן נוגח בחזהו של מטראצי. על פי גרסתו של מטראצי זידאן הציע לו במהלך ההארכה את חולצתו. מטראצי הגיב באמירה ״אני מעדיף את אחותך״ שהביאה את זידאן למצב קיצון שבו הוא מחליט לנגוח במטראצי. הקוון הפנה את תשומת לבו של השופט הראשי לאירוע וזידאן הורחק מיידית בכרטיס אדום.
במהלך הימים שלאחר הגמר ניסו רבים לנחש מה אמר מטראצי לזידאן שהביא אותו לתגובה כזו. היו שגרסו שמטראצי השתמש בביטויים גזעניים ("טרוריסט") או שקילל את אימו של זידאן. מטראצי הכחיש את הדברים וטען כי הוא בור ועם הארץ, אין הוא יודע כלל מה זה טרוריסט וכי לעולם לא יחלל את כבודה של אימו של כל אדם, כיוון שאימו נפטרה כשהיה צעיר. גם פיפ"א נדרשה להגיב לאירוע ושני השחקנים הורחקו למספר משחקים.
כחודש לאחר התקרית חשף מטראצי, כי חילופי הדברים בינו לזידאן היו לאחר שאחז קלות בזידאן על מנת למנוע ממנו את הכדור וכי הצרפתי אמר "אם אתה כל כך רוצה את החולצה שלי אתן לך אותה לאחר המשחק", ולכך ענה מטראצי: "אני מעדיף להוריד את החולצה לאחותך". מטראצי התנצל על הדברים.
כמה חודשים לאחר המונדיאל השתתף מטראצי בפרסומת של חברת נייק, המבוססת על האירוע ואף הוציא ספר שקיבץ 100 משפטים הומוריסטים שכביכול אמר לזידאן במה שהוביל לנגיחה.[1]