בחמש האולימפיאדות בהן השתתפה, צברו הספורטאים הסלובקים 32 מדליות, בהן עשר מדליות זהב. חותרי הקאנו והקיאק הסלובקים זכו ב-20 מתוך המדליות, בהן 8 מדליות זהב. במשחקי החורף זכו הסלובקים ב-10 מדליות, בשש מתוכן זכתה הביאתלטיתאנסטסיה קוזמינה.
באולימפיאדת אתונה (2004) השתתפו 64 ספורטאים סלובקים, והישגיהם השתפרו ל-6 מדליות, שתיים מכל סוג. האחים הוכשורנר שמרו על תוארם, ומנצחת נוספת הייתה חותרת הקיאק אלנה קליסקה, בסלאלום. מרטיקן זכה במדליית כסף שנייה ברציפות ובמדליה אולימפית שלישית, והג'ודוקא יוזף קרנאץ' זכה אף הוא במדליית כסף. במדליות הארד זכו רביעיית חותרי הקיאק, במקצה ל-1000 מטר, וכן יוזף גנצי, הפעם בירי ברובה אוויר.
מספר הספורטאים שייצגו את סלובקיה באולימפיאדת בייג'ינג (2008) ירד ל-57, אך הישגיהם השתפרו, כשזכו ב-3 מדליות זהב. לכל הזוכים לא הייתה זו הפעם הראשונה. התאומים הוכשורנר זכו בתואר השלישי ברציפות, הישג חסר תקדים בענף הקאנו, קליסקה שמרה אף היא על תוארה, ומרטיקן זכה בתואר האולימפי בפעם השנייה אחרי 12 שנים, ובמדליה אולימפית רביעית. רביעיית חותרי הקיאק זכתה במדליית כסף במקצה ל-1000 מטר, וכמוהם גם הקלעית זוזאנה שטפצ'קובה, בטראפ, ענף של ירי בצלחות חרס. המתאבק דוד מוסולבק זכה במדליית ארד אך זו שודרגה לכסף לאחר הרשעת המתאבק האוזבקי באימרוץ. מוסולבק, יליד צפון אוסטיה שייצג בעבר את רוסיה ואף זכה במדליית זהב באולימפיאדת סידני, התאזרח בסלובקיה ב-2007.
באולימפיאדת לונדון (2012) ירד מספר המשתתפים הסלובקים ל-47, ולראשונה איש מהם לא זכה במדליית זהב. את ההישג הגבוה ביותר רשמה הקלעית זוזאנה שטפצ'קובה, שזכתה במדליית כסף שנייה ברציפות בטראפ. קלעית נוספת, דאנקה ברטקובה, זכתה במדליית ארד בסקיט. האחים הוכסהורנר איבדו את תוארם לאחר שלוש זכיות רצופות, והסתפקו במדליית ארד. גם מיכל מרטיקן איבד את תוארו וזכה במדליית ארד, המדליה האולימפית החמישית שלו. ספורטאים סלובקים נוספים שרשמו הישגים נאים בלונדון כללו את חותרת הקאנו יאנה דוקטובה (מקום שישי בסלאלום), חותר הקאנו לובומיר הגארה (מקום שישי ב-200 מטר), רביעיית חותרי הקיאק (מקום שישי ב-1000 מטר), מאטיי טוט (מקום שמיני בהליכה ל-50 ק"מ), לוציה קלוצובה (מקום שמיני בריצת 1500 מטר) וחותרי הקיאק פטר גלה ואריק ויצ'ק (מקום שמיני ב-1000 מטר).
באולימפיאדת ריו דה ז'ניירו (2016), לראשונה מאז השתתפה סלובקיה במשחקים כמדינה עצמאית, לא ייצגו אותה לא האחים הוכסהורנר ולא מיכל מרטיקן. אף על פי כן, נשמרה השליטה הסלובקית בתחרויות הסלאלום בקאנו. במדליית הזהב במקצה הזוגות זכו בני הדודים לדיסלב ופטר שקאנטר, ובמקצה היחידים זכה מאטיי בנוש במדליית הכסף. רביעיית הקיאקיסטים זכתה במדליית כסף במקצה ל-1000 מטר, ושניים מהם, יוראי טאר ואריק ויצ'ק, סיימו במקום השמיני במקצה הזוגות. הקיאקיסטית יאנה דוקאטובה סיימה במקום הרביעי בסלאלום, יאקוב גריגאר הגיע חמישי במקצה המקביל לגברים, ופטר גלה סיים שמיני במקצה היחידים ל-1000 מטר. לא רק בענף הקאנו/קיאק זכו הסלובקים להצלחות בריו. האתלט מאטיי טוט ניצח בהליכה ל-50 ק"מ, והיה לאלוף האולימפי הסלובקי הראשון שלא מתחום הקאנו/קיאק, ולאתלט הסלובקי הראשון שזוכה במדליה אולימפית. אתלט נוסף, מרצל לומניצקי, סיים חמישי ביידוי פטיש. הקלע יוראי טוז'ינסקי סיים במקום הרביעי באקדח אוויר ופאוול קופ דורג שביעי באקדח.