בילדותו למד בתלמוד תורה בעיירה קלם. וכאשר היגרו הוריו בשנת ה'תר"פ לקנדה לשם קבלת משרת רבנות במונטריאולקנדה, נשאר נתן מאיר בקוהל כדי להשלים את לימודיו. בגיל 15 הצטרף להוריו בקנדה, ועבר להמשך לימודים בישיבת רבנו יצחק אלחנן בניו יורק. כאשר התאחדה הישיבה בהמשך עם ישיבה יוניברסיטי ונוספו לימודי חול לתוכנית הלימודים, נמנה נתן מאיר עם המתנגדים למהלך מקרב בני הישיבה ודחק בחבריו לעזוב את הישיבה וללכת ללמוד כמוהו בישיבות אירופה. הוא עצמו נסע והתקבל ללימודים בישיבת מיר, ולמד בה קרוב לשבע שנים.
לאחר פרוץ המלחמה, נישא לחוה שלומוביץ בתו של הרב ישראל זלמן שלומוביץ ובוגרת הסמינר של שרה שנירר בקרקוב. בני הזוג הצליחו להיחלץ מאירופה באמצעות ויזה אמריקאית שהשיג וכטפוגל גם עבור רעייתו הצעירה.
לקראת קיץ ה'תש"ב, 1942, הוקם הכולל הראשון באמריקה בווייט פליינס[2], ניו יורק, בידי קבוצת אברכים, בהם הרב נתן מאיר, ולאחר תקופת מה העמידו בראשות הכולל את הרב אהרן קוטלר, לאחר מכן העביר הרב קוטלר את הכולל לעיירה לייקווד אשר בניו ג'רזי וכאשר נפתחה הישיבה בלייקווד העמיד הרב קוטלר את הרב נתן מאיר ווכטפוגל לכהן בה כמשגיח. ובכל תקופה זו התייחס אל הרב קוטלר כאל רבו, נכנס תמיד לשמוע את שיעוריו ואת שיחותיו, ומעולם לא הסכים למסור את שיחותיו הוא בבית המדרש כל ימי חייו של הרב אהרן קוטלר. בכהונתו זו כיהן למעלה מיובל שנים עד לפטירתו, בצוותא עם שלושה דורות רצופים של ראשי הישיבה: הרב אהרן קוטלר, הרב שניאור קוטלר, והרב מלכיאל קוטלר.
