ראשיתו של הנחל מעט ממערב למעיליא. ומכאן הוא יורד מערבה בעמק עמוק ותלול מדרונות עד מפגשו עם נחל נחת.[3] קטע זה של הנחל נמצא בתחום שמורת בילטון ובו מכוסים מורדות הנחל בחורש ים תיכוני צפוף. ממפגש נחל שעל ונחל נחת נמשך הנחל מערבה בעמק מתון, ומעט מצפון לקיבוץ כברי הוא יוצא אל מישור חוף הגליל. מכאן נמשך הנחל כ-5 ק"מ בערוץ רדוד ויוצא אל הים לתל אכזיב.[4]
אתרים היסטוריים
חורבת בילטון
חורבה בגליל המערבי, מעל הגדה הצפונית –מזרחית של נחל שעל. בחורבה אפשר לראות את שרידי היישוב העתיק. המקום היה חלק מן המערך של הצלבנים סביב מבצר המלך במעיליא. שמורת בילטון הנקראת כשמה של החורבה, נמצאת על גדתו של נחל שעל. השמורה משתרעת לאורך 3 ק"מ בחלקו העליון של נחל שעל.[5]