המשיך ללמוד לימודים כלליים בווינה ובשווייצריה, שבה קיבל ב-1918 את תעודת הבגרות. למד באוניברסיטה של ברן וציריך: היסטוריה, פילוסופיה ושפות קלאסיות. בציריך ערך הרב פוגלמן ירחון עברי – "הירדן", שבו פרסם עבודות מחקר בנושאים ספרותיים, היסטוריים ותלמודיים[1]. קיבל תואר ד"ר בפירנצה ב-1924, על יסוד עבודה בנושא "ארגון הקהילות היהודיות בארץ ישראל במאות הראשונות של הספירה החדשה".
עם שובו לפולין ב-1926 מונה הרב ד"ר פוגלמן לתפקיד מנהל הסמינר למורים של "מזרחי" בווילנה[2]. כעבור שנה הגיע לוורשה ושם לימד תלמוד ומדרש בסמינר הממלכתי למורי דת-משה. הרב יהודה לייב פישמן מימון כתב שהוא אחד הרבנים היחידים שהכיר שכוחם יפה גם במדעים
[3].
ב-1928 הוזמן הרב ד"ר פוגלמן לכהונת רב הקהילה היהודית בקטוביץ, תפקיד שמילא עם הרב קלמן חמיידס עד 1939. עם התמנותו לרב של קטוביץ, שלח הרב מאיר שפירא, תעודה בגרמנית, ובה כתב בין השאר שהרב פוגלמן "קולע בתשובותיו החדות תמיד אל השערה".
תעודה מטעם הרב מאיר שפירא משנת תרפ"ט, בה הוכרה רבנותו של הרב מרדכי פוגלמן בקטוביץ (התעודה כתובה בגרמנית)
כרבה של קטוביץ ניהל פעילות תרבותית-חינוכית בין יהודי העיר וסביבתה, ובמיוחד בקרב הנוער היהודי בשלזיה. באופן רשמי, באישור שלטונות החינוך הפולניים בקטוביץ, הורה גם דת משה לתלמידים היהודיים, שלמדו בבתי הספר התיכוניים-ממלכתיים והעירונים. הרב היה אחד הכותבים הראשיים בדו-שבועון, שהוציאה הקהילה היהודית בקטוביץ, ובו הופיעו מאמרים במדעי היהדות ובנושאים אקטואליים, שנועדו לציבור היהודי הרחב.
הרב ד"ר פוגלמן פרש גם את חסותו ודאג לפיתוחו של גן–הילדים היהודי הראשון בעיר, שנוסד ביוזמת רעייתו, בלה פוגלמן. גן-ילדים זה היה נתון (כמו יתר מוסדות חינוך יהודיים) תחת פיקוחה של הקהילה היהודית בקטוביץ.
נוסף לכך הוסיף הרב להיות פעיל בשדה הספרות התלמודית, ופרסם מאמרים ועבודות מחקר בכתבי-עת כמו: "הצופה לחכמת ישראל" בבודפשט; "קול תורה" בירושלים ואחרים. הוא פרסם בין היתר עבודת-מחקר נרחבת, שנושאה - "מינוי דיין הגון". בשנים האחרונות לפני מלחמת העולם השנייה היה הרב פוגלמן שקוע בעבודת מחקר מקיפה בהלכה, שכותרתה הייתה: "חידושים ובירורים לתלמוד הבבלי"; כמו כן כתב חיבור בנושא "פסקי-דין של הגאונים".
נדודים במלחמת העולם השנייה
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, יצא הרב פוגלמן לבדו לעיר קרקוב בתקווה למצוא מקום בטוח מהתפרצות פעולות האיבה של גייסות היטלר. אולם כעבור מספר ימים נכבשה גם קרקוב על ידי הצבא הגרמני, והרב חזר לקטוביץ ויחד עם משפחתו נסע ללבוב, ומשם הגיע לקולומיה. בספטמבר 1939[4], בעשרת ימי תשובה, כשבועיים לאחר פרוץ המלחמה, הבריח את הגבול עם משפחתו לרומניה[5], תחילה לצ'רנוביץ, אחר-כך בוקרשט, ולאחר תלאות של מספר חודשים לקונסטנצה. בהיותו בקונסטנצה, נשלח לרב פוגלמן סרטיפיקט בסיוע רבה הראשי של ארץ ישראל דאז - הרב יצחק אייזיק הרצוג. הרב פוגלמן ומשפחתו (אשתו בלה ובתם הקטנה לאה-נעמי) הגיעו לארץ ישראל בראש חודש שבט ת"ש (1940)[6][7] והתגוררו מספר חודשים בתל אביב.
בתמוז ת"ש קיבל משרה של רב הקהילה בקריית מוצקין[8][9]. ביישוב זה פיתח הרב פעילות חינוכית-דתית ענפה (מלבד מילוי תפקידים שמחייבים כרב עיר). הוא ייסד את המועצה הדתית בקרית-מוצקין[10] והיה פעיל במפלגת "המזרחי". ביוזמתו נוסד בית ספר דתי, והוא היה פטרון נאמן למוסד חינוכי זה. כן היה מהדוחפים להקמת אולפנת סגולה בקריית מוצקין[11]. רעייתו, בשיתוף עם ארגון נשי מזרחי בארץ ישראל, הקימה גן-ילדים דתי. בעת ההקמה עבר הרב מבית לבית כדי לשכנע הורים לשלוח את ילדם לגן הדתי[12].
כל שנה, יומיים לפני חג השבועות מתאספים ילדי גני הילדים הדתיים ותלמידי הכיתות א' וב' של בית-הספר. הממלכתי-דתי בבית-הכנסת המרכזי המקושט בפרחים לכבוד החג, בפיקוחם של מורים וגננות בנוכחות ההורים, וחוגגים את חג זמן מתן תורתנו. הם קוראים פרקים בתורה, מתפללים ושרים שירי חג ומוציאים ספר-תורה והילדים קוראים ממנו פרקים על מתן תורה, בלווי דברי הסבר של הרב דמתא על קבלת התורה. מלבב הוא המראה של הילדים המקיפים את הבימה וספרי-תורה קטנים בזרועותיהם. אשרי העם שככה לו.
— מתוך - בלה פוגלמן, "מבית אבא עד הלום" מאת בשמן תשל"ד - 1974
בשנות ה-40 היה הרב פוגלמן פעיל באיחוד רבני פולין והשתתף בחגיגות של חגים לאומיים פולניים[13]. בשנים 1945-1946, לאחר פטירת הרב משה אביגדור עמיאל, היה בין המתמודדים על כהונת הרב של תל אביב[14][15]. הוא שב והתמודד על התפקיד בשנת 1968, אך הסיר את מועמדותו מספר ימים לפני הבחירות[16].
בשנת 1954 הביא לחקיקת חוק האוסר מכירת חזיר בקרית מוצקין[17]. בתחילת שנת 1959 הצליח למנוע פעילות תחבורה ציבורית בשבת בקריית מוצקין שהתקיימה בניגוד לסטטוס קוו[18].
אשתו, בלה פוגלמן, נפטרה בחודש אב תשל"ה (אוגוסט 1975). בתם היחידה היא פרופסור לאה-נעמי[20] פוגלמן-גולדפלד, בעלת תואר ד"ר במחשבת היהדות מאוניברסיטת קיימברידג'.
ספרו בית מרדכי, שאלות ותשובות בארבעה חלקי שולחן ערוך ומחקרים בהלכה, יצא לאור בהוצאת מוסד הרב קוק, ירושלים תשל"א. הספר יצא שם שוב בשנת תשס"ט בתוספת פרשת מרדכי, חידושים על הש"ס.
בהקדמתו הקצרה לספר "בית מרדכי" סיפר הרב פוגלמן על אובדן כתביו, שנכתבו בפולין ועסקו במסכתות הבבלי והירושלמי, ברמב"ם ובשאלות ותשובות. הם נשלחו לאביו שהיה גר בסאקאל לשם שמירה. אביו והכתבים אבדו במהומה הגדולה והממושכת שפגעה ביהודים בפולין ובשאר ארצות אירופה.
בבואו לארץ הוא פרסם מאמרים ב"סיני", מוסד הרב קוק ובעיתון "הצופה". מאמריו וחידושיו קובצו בספר בית מרדכי והם כולם מפרי הארץ. כמו כן פרסם מאמרים באיטליה בכתב העת ISRAEL באיטלקית.
הספר שלפנינו מחולק לשניים. החלק הראשון כולל מהדורה מצולמת של ספר השו"ת -בית מרדכי" שהופיע בשנת תשל"ה ואזל עד מהרה מן השוק. החלק השני, "פרשת מרדכי", כולל חידושי תורה, ביאורים והערות על מסכתות הש"ס מעיזבונו של הרב, הופיע לראשונה ביוזמתה של בתו. הן הספר "בית מרדכי". והן "פרשת מרדכי" הם בבחינת תורת ארץ ישראל, שכן מאמרים ומחקרים שכתב בפולין אבדו בעת שהצליח להימלט לארץ ישראל.
לספר "פרשת מרדכי", שנערך על ידי הרב שלמה רקובסקי, הקדים דברים הרב ישראל מאיר לאו. במבוא לספר כותב אהרון גפן-על דמותו של הרב.
זו הייתה דרכו לבחון עניין מצדדים אחדים.
כחמש מאות מאמרים של הרב פוגלמן פורסמו במקומות שונים במשך השנים. מוסד הרב קוק פרסם בשנת תשל"א את ספרו "בית מרדכי", ובו שאלות שנשאל ותשובותיו ואחדים ממחקריו. הספר זכה בשנת תשל"ז בפרס הרב קוק לספרות תורנית מטעם עיריית תל אביב-יפו.
ספריית הרב ד"ר מרדכי פוגלמן הועברה כמות שהיא על ידי בתו לאולם שבבית הכנסת 'אהבת אחים' בשכונת בבלי בתל אביב. הספרייה מוקדשת לזכר ששת המליונים שנרצחו בשואה. באולם הספרייה נקבע לוח שיש, בו נחרטו שמות בני המשפחה שנספו בשואה. עם הספרייה הועברו שולחן עבודתו של הרב ד"ר פוגלמן ורהיטי חדר עבודתו.
רעייתו בלה סיפרה, שהוא היה דורש בקאטוביץ בפולנית. ואם באים אנו לאסוף את הלשונות שבהן דיבר, למד, דרש וכתב נמצא בהן יוונית ולטינית, שחקר על ידן את מוסדות הקהילה היהודית בעבודת הדוקטור, פולנית היא שפת המקום שדיבר בה מלידתו עברית וארמית, שעשה בהן מילדותו וקבען בעולמו התרבותי והנפשי ונתן בהן את רוב כוחו, לימודו והתעסקותו ותורתו ; יידיש היא שפת היהודים המדוברת בבתי כנסיות ומדרשות ובכל מקום שאליו נדדו יהודי גרמניה ופולין ; גרמנית וצרפתית ואיטלקית, שנזקק להן במקומות לימודיו בשווייץ ובאיטליה. שיעור ידיעתו את השפות ועומקה שונה מן הסתם לפי המקום ולפי הצורך. ואולם הצירוף של ידיעת השפות, אף אם בשיעור משתנה, נותן רקע רחב להבנת מושגים שונים ולקריאה אוריינית של כתבים יהיו מימי הביניים או מן התקופה העתיקה, ואף מאלה שמתחברים בימינו.
^הרב ישראל מאיר לאו מספר בספר "אל תשלח ידך אל הנער", עמוד 112, על יציאת משפחת פוגלמן מקטוביץ עם זוג פמוטים לשבת, ארבעה כרכים קטנים של ש"ס, טלית ותפילין. הרב לאו מעיד כי "הטלית מצויה עד היום בביתי, צהובה מזוקן, אך נשמרת בשבע עיניים"
