מסינה הייתה ככל הנראה המקום בו פרצה המגפה השחורה שפקדה את אירופה במאה ה-14, כאשר חיילים גנואים ששבו מחצי האי קרים נשאו עמם את המחלה, וספינתם עגנה כנראה בנמל מסינה.
במאות ה-16 וה-17 שלטו במסינה הספרדים. לשיא גדולתה הגיעה בראשית המאה ה-17, אז הייתה אחת מעשר הערים הגדולות באירופה. ב-1674 מרדו תושבי העיר בספרדים, בעזרתו של לואי ה-14, ולזמן מה הייתה מסינה לעיר עצמאית. בעקבות הסכמי ניימכן ב-1678 שבו הספרדים והשתלטו על העיר. הכיבוש המחודש היה אגרסיבי, והאוטונומיה היחסית ממנה נהנו התושבים עוד מהתקופה הרומית נשללה מהם. לאחר הכיבוש המחודש, נבנה מבצר להגנה על העיר.
מסינה נחרבה כמה פעמים על ידי צונאמי ורעידות אדמה. לאחר רעידת האדמה שפקדה אותה ב-5 בפברואר1783[1], נבנה ארמון מסינה מחדש, לפי תוכניותיו של ג'אקומו מינוטולי. ב-28 בדצמבר1908 הכו בה רעידת אדמה[2] וצונאמי[3], הרעידה הייתה בעוצמה של 7.5 בסולם ריכטר ונמשכה בין 30 ל 40 שניות. לאחר כמה דקות הכה גל צונאמי בגובה של 12.5 מטר בחוף מסינה. למעלה מ-60 אלף בני אדם מצאו את מותם, ורוב העיר העתיקה חרבה. רוב העיר נבנתה מחדש לפי תוכניותיו של לואיג'י בורצי, אדריכל בן העיר. ב-1943 ניזוקה העיר מההפצצות של בעלות הברית, שאף במהלכן נהרגו אלפים[4].
במסינה התקיימה קהילה יהודית עוד מהתקופה הרומית. עד 1453 הקהילה היהודית במסינה נהנתה משוויון זכויות ומאוטונומיה, אך רדיפות היהודים בספרד, החלו להשפיע על סיציליה, שהחלו לבצע פרעות ביהודי האי. ב-1474 נערכה עלילת דם ביהודי מסינה וב-1493, שנה לאחר תחילת גירוש ספרד, גורשו גם יהודי מסינה, ועברו להתגורר באיסטנבול. למרות זאת במאות ה-16 וה-17 מלכים שונים הזמינו למסינה מגדלי משי יהודיים, על מנת שיעזרו לתעשיית המשי של מסינה להתפתח, וכדי להפוך את העיר לנמל חשוב הזמינו מלכים את היהודים לחזור ולהתיישב במסינה. בשנת 1695 נתן קארלוס השני מבית הבסבורג הספרדי שוויון חוקי ליהודים והוקם בעיר גטו מסינה. עד היום קיים במסינה רחוב הקרוי בשם "רחוב היהודים" (ויה דל ג'ודקה).
אתרים
כנסיות
כנסיית הדואומו מהמאה ה-12 כוללת את שרידיו של קונראד הרביעי, שליט גרמניה וסיציליה. היה צורך לבנות מחדש כמעט את כל המבנה ב-1919 לאחר החורבן של רעידת האדמה ב-1908, ושוב ב-1943 לאחר הפצצה של בעלות הברית על העיר. בחזית הכנסייה ישנם שלושה שערים גותיים, שהמרכזי שבהם מתוארך למאה ה-15. המשקוף מעוטר בפסל של ישו בין האוונגליסטים ובייצוגים שונים של אנשים, צמחים וחיות. הטימפנון של הקתדרלה מתוארך לשנת 1468. בפנים הכנסייה ניצבים שני מעברים עם 28 עמודים ארוכים ושווים בגודלם כל אחד. חלק מהפריטים האומנותיים שייכים לכנסייה המקורית, בעוד הפסיפס והאפסיס משוחזרים. במגדל הפעמונים של הכנסייה נמצא אחד השעונים האסטרונומיים הגדולים בעולם, המתוארך ל-1933. פסלי המגדל מופעלים על ידי אנימציה מכנית, המדגימה אירועים מההיסטוריה האזרחית והדתית של העיר בכל יום בצהריים, ומהווים אטרקציה פופולרית לתיירים.
כנסיית בשורת הקטאלנים מתוארכת לתקופה הנורמנית. ראויים לציון הם הקישוטים החיצוניים של האגף ואזור הכיפה, עם סדרה של קשתות המופרדות בידי עמודים קטנים. הכנסייה משקפת בבירור השפעות אדריכליות ערביות.
סנטה מריה דל אלמאני נבנתה כקפלה של המסדר הטבטוני. הכנסייה מהווה דוגמה נדירה לאדריכלות גותית טהורה בסיציליה.