נתניהו ביקש שלא לכלול בממשלתו את אריאל שרון, אולם דוד לוי התייצב לצידו של שרון ודרש להעניק לו תיק ביצועי בכיר. עקב התעקשותו של לוי נאלץ נתניהו למנות את שרון לשר התשתיות הלאומיות, תפקיד שכלל אוסף סמכויות ממשרדים שונים, ונוצר אד הוק לפתרון התסבוכת לאחר שכבר הורכבה הממשלה. לימים יצפה לוי להכרת תודה מצידו של שרון בעת שזה ירכיב את ממשלתו שלו, אך לשווא.
ציוני דרך ומדיניות
בתחום הביטחוני זכורה ממשלתו הצרה של נתניהו בשל צמצום הטרור, וכן בשל אירועי מנהרת הכותל וניסיון ההתנקשות הכושל באיש החמאס בירדן, חאלד משעל, ניסיון שגרר את שחרורו מכלאו של אחמד יאסין על פי דרישתו של המלך חוסיין, וזאת על מנת לשמר את הסכם השלום עם ירדן. ב-4 בפברואר1997 התרחש אסון המסוקים בו נהרגו 73 חיילי צה"ל שהיו בדרכם לפעילות מבצעית בלבנון. האסון גימד את הצלחתו היחסית של צה"ל בסוף שנות ה-90 לצמצם את מספר הנפגעים בלבנון על ידי מיגון מוגבר במוצבים, והביא להקמת תנועת ארבע אמהות ולהעלאת התמיכה הציבורית בנסיגה מרצועת הביטחון, לה התנגד נתניהו. אסון השייטת שאירע ב-5 בספטמבר 1997 הגביר אף הוא את הביקורת הציבורית על השהייה של צה"ל בלבנון.
פרשת בר-און חברון - הפרשה שחשפה כתבת הערוץ הראשוןאיילה חסון, ולפיה רוני בר-און (לימים חבר כנסת ושר האוצר) מונה לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה בתמורה לכך שש"ס תצביע בעד הסכם חברון בממשלה. לפי הנטען, היועץ בר-און היה אמור להביא לסיום הפרשיות המשפטיות בהן היה מסובך מנהיג ש"ס אריה דרעי. בעקבות גל הביקורת על מינויו - עוד לפני פרסום הפרשה על ידי חסון - התפטר בר-און מהתפקיד, ימים ספורים לאחר שמונה אליו. בפרשה נחקרו ראש הממשלה נתניהו, שר המשפטים צחי הנגבי, חבר הכנסת דרעי, מנכ"ל משרד רה"מ אביגדור ליברמן ורבים נוספים, אך היא הסתיימה לבסוף ללא הגשת כתבי אישום.
הסכם ואי - הסכם שחתמה ישראל בוושינגטון עם הרשות הפלסטינית ב-23 באוקטובר1998, שאושר בכנסת ב-17 בנובמבר 1998, כ"ח בחשווןתשנ"ט ברוב של 75 בעד, 19 נגד ותשעה נמנעים. לפי ההסכם התחייבה ישראל להעביר לידי הפלסטינים 13% נוספים משטחי יהודה ושומרון ובתמורה התחייבו הפלסטינים להסכמות ביטחוניות שונות, כמו הפסקת הטרור וההסתה ומחיקת הסעיף באמנה הפלסטינית שקרא להשמדת ישראל.
מדיניות כלכלית
נתניהו, הדוגל באסכולת שוק חופשי, העלה על נס את ערכי "הכלכלה החופשית" ואת ההפרטה. לראייתו של נתניהו, לממשלתו הראשונה היו מספר הישגים כלכליים:
הורדת האינפלציה מתחום 15–17 אחוזים לתחום 3–4 אחוזים.
בתקופת ממשלתו הראשונה של נתניהו כיהנו שלושה שרי אוצר, כל אחד למשך פרק זמן של כשנה.
הממשלה השקיעה יותר מקודמותיה בהתנחלויות, בתקציבי הדתות וברווחה. היו ניסיונות לבצע הפרטות בחברות הממשלתיות, ניסיונות שנחלו הצלחה חלקית בלבד. משרד האוצר ניהל מדיניות של ריסון תקציבי ובנק ישראל ניהל מדיניות של ריבית גבוהה.
מדיניות ה"ניוד המנוהל" של השקל הופחתה על ידי הרחבת רצועת האלכסון, ששיפרה את חופשיות המסחר בו. מחלוקת על רקע זה הובילה לפרישת שר האוצר דן מרידור, שהתנגד למהלך. בתקופת נתניהו פחתו האינפלציה והגירעון הממשלתי של ישראל, אך האבטלה גדלה.
נושא ביטחוני בולט נוסף - מינויו של דני יתום לראש המוסד בקיץ 1996, והתפטרותו בפברואר 1998 לאחר הגשת דו"ח צ'חנובר, שהטיל עליו את האחריות בפרשת ההתנקשות הכושלת בחייו של חאלד משעל. בתקופתו של יתום היו כישלונות פומביים נוספים של המוסד שבהם נתפסו אנשי מוסד בידי רשויות.
למרות מצבה הקשה של הקואליציה ניסה נתניהו להעביר את תקציב המדינה לשנת 1999 בכנסת, אך כשל לאחר שש"ס ויהדות התורה סירבו לתמוך בו ללא מילוי דרישות כספיות שנתפסו בעיניו כמופלגות, ישראל בעלייה סירבה לתמוך בו בגלל טענותיה להפרת הבטחותיו למנהיג המפלגה, נתן שרנסקי, מולדת הסכימה בתנאי שנתניהו יקרע את הסכם חברון מעל בימת הכנסת ויבטל את הסכמי אוסלו ואילו הדרך השלישית הייתה מצויה בשלבי התפוררות.
כאשר הסתבר כי המפד"ל היא הסיעה היחידה, מלבד הליכוד, המוכנה לתמוך בתקציב וישנם פחות מ-40 ח"כים המוכנים להצביע בעדו, החליט נתניהו כי אין טעם להמשיך במאמצים שלו לשמר את הממשלה והסכים לפזר את הכנסת.