מחשבה חופשית היא תפיסה פילוסופית לפיה צריך כל אדם לבסס עמדה לגבי האמת לפי היגיון, התנסות, חוויה אישית ואימפרסיוניזם (התרשמותיות) בלי להתבסס על תפיסת עולמה של סמכות מסוימת, של מסורת או של דוגמהדתית תוך דחיית האמונה. היישום הקוגניטיבי של המחשבה החופשית נקרא "חשיבה חופשית" ומבצעיה נקראים "הוגים חופשיים". המונח נכנס לשימוש במאה ה-17 לתאר את העיסוק החופשי שהתפתח אז במסורות הדתיות ובדוגמה הנוצרית. המושג מקושר לעיתים קרובות לביקורת על הדת, כפירה, אגנוסטיות, ואתאיזם. שורשי עקרון המחשבה החופשית נעוצים כבר בעת העתיקה, חשיבה ביקורתית כנגד הדת, הממסד והנורמות שגשגו בתקופה ההלניסטית, בין היתר בזכות משנתו של סוקרטס, שחי כמה עשרות שנים קודם לכן. רבים מייחסים השפעה גם לרפורמציה הפרוטסטנטית, תקופת הרנסאנס ועידן הנאורות על החשיבה החופשית במערב.
