עלילת הסרט מתמקדת בחודשיים האחרונים לחייו של הנשיא ה-16 של ארצות הברית, אברהם לינקולן, אשר במהלכם פעל להביא לסיום מלחמת האזרחים ולביטול העבדות בארצות הברית. לינקולן משער שמלחמת האזרחים קרובה לסיומה, וחושש כי הכרזתו בעבר, בדבר שחרור כל העבדים אשר עברו למדינות הצפון, חסרת בסיס משפטי מוצק, וניתן יהיה לחזור ולשעבד בתום המלחמה עבדים שכבר שוחררו. כדי למנוע מצב זה, לינקולן משוכנע שיש להקדים ולהעביר את התיקון ה-13 לחוקה, האוסר על קיומה של העבדות, לפני תום המלחמה.
הסרט מציג את התלבטותו של לינקולן, להמשיך את המלחמה עד שהתיקון יעבור, ובכך לחשוף עוד אמריקאים למוות מיותר מידי בני ארצם, או, להסכים לקיים פגישת הפסקת אש עם מדינות הדרום, ובכך ככל הנראה להכשיל את סיכויו של התיקון ה-13 לעבור. שכן, רבים מהנציגים שהצביעו בעד התיקון ה-13, עשו זאת רק כדי לסיים את המלחמה - מרגע שאין מלחמה, אין סיבה לתמוך בחוק.
התקופה שמתוארת בסרט היא שלהי תקופת מלחמת האזרחים האמריקאית. לינקולן נבחר לפני זמן קצר לכהונתו השנייה, והפופולריות שלו בשיאה. הסרט נפתח עם חלום שלינקולן חולם, ובו הוא נראה עומד על ספינה ומביט אל עבר אופק בהיר. לינקולן מספר על חלומו לאשתו, אשר כועסת עליו כי לדעתה החלום מבטא את רצונו לנסות להעביר בבית הנבחרים את ההחלטה לאשרר את התיקון ה-13, זאת לאחר שנכשל בניסיון זהה שנעשה עשרה חודשים קודם לכן. לינקולן נפגש עם מזכיר המדינה, ויליאם סיוארד, ולאחר דין ודברים, משכנע אותו לפעול כדי להעביר את התיקון ה-13.
הדרך להעברת החוק רצופת מכשולים רבים ציבוריים ואישיים עבור לינקולן, והסרט מתאר כיצד הוא פועל כדי להתגבר עליהם.
הרוב בבית הנבחרים הרוב בבית הנבחרים עדיין שייך למפלגה הדמוקרטית. הבחירות ייכנסו לתוקפן רק בעוד חודשיים, ועד אז, הרוב הזעום שייך למפלגה הדמוקרטית. כדי להתגבר על מכשול זה, מציע לינקולן להעניק "כיבודים" לחברי בית הנבחרים אשר יהיו מוכנים לתמוך בתיקון ה-13. לינקולן מסביר זאת כך - הדמוקרטים בלאו הכי הפסידו בבחירות, ובעוד חודשיים יהיו מחוסרי עבודה. אז דווקא עכשיו ניתן להציע להם להצביע לפי צו מצפונם, ולא לפי הקו המפלגתי הנוקשה.
מצבו המשפחתי
אשתו המעורערת של הנשיא, מכבידה עליו, ואחוזת חרדה לגורל ילדיה. בסרט נרמז שסיבה אפשרית לכך היא מות בנם הצעיר, זמן קצר לפני אירועי הסרט. לינקולן מתקשה להתמודד איתה, ועם מאמצי התיקון ה-13 במקביל. כמו כן, בנו הבכור, מגיע במפתיע מלימודיו ודורש להתגייס לצבא, דבר שמוסיף לחרדה ולקושי בבית המשפחה.
לינקולן מנווט דרך קשיים אלו, באמצעות עיקשות ואמונה כי הדבר הנכון אכן ייעשה. בסוף הסרט, נשאר לינקולן במעונו, בזמן שבבית הנבחרים נערך הדיון על קבלת התיקון ה-13 לחוקה. תחילה מתקיים דין ודברים לגבי משא ומתן עם נציגי מורדים. נטען על ידי האופוזיציה של לינקולן שנציגים אשר מעוניינים לדון בתנאי כניעה וסיום המלחמה, מעוכבים במתכוון על ידי לינקולן - כדי להטות את נציגי הקונגרס להצביע בעד התיקון. תגובת הנשיא, אשר מועברת דרך שליח, היא תשובה מתחכמת שמבהירה כי לא נעשו שום מגעים נכון לעכשיו עם נציגים מהדרום. לאחר רגעים מתוחים, שנבעו מהצהרתו של מנהיג סיעת השמרנים בלייר, שלא יהיה מוכן לתמוך בתיקון עד שלא יקבל הבהרה מהנשיא שאכן אין נציגים בשטח המדינה, מתחילה ההצבעה. במהלכה, מסתבר כי חלק מנציגי הדמוקרטים משנים את הצבעתם לטובת העברת החוק. כך החוק עובר, במקביל לתחילת השיחות עם נציגי הדרום על כניעתם הסופית.
בסצנת הסיום, מכונס לינקולן עם חברי הקבינט המדיני, במעונו. הם דנים בנושאים שונים כאשר שליח קורא ללינקולן להזדרז להתלוות לאשתו להצגה. לינקולן נענה לו אך מעיר עם זאת כי היה מעדיף להישאר בחדר עם היועצים שלו ולהמשיך לעבוד.
נציג בולט של המפלגה הרפובליקנית ומנהיג מטעמה בבית הנבחרים של ארצות הברית. לוחם זכויות אדם נלהב, ידוע בשל דעותיו הליברליות ותמיכתו במתן זכויות שוות לשחורים ומנהיג סיעת "הרפובליקנים הרדיקליים".
מפקד כוחות צבא הצפון במלחמת האזרחים האמריקאית. אחראי לניצחון על כוחות הדרום. מאוחר יותר בקריירה, יהפך לנשיא ה-18 של ארצות הברית מטעם המפלגה הרפובליקנית.
במהלך שנת 1999, בעת שהשתתפה בפרויקט של סטיבן ספילברג, הסופרת דוריס קירנס גודווין ציינה לראשונה בפני ספילברג שבכוונתה לכתוב ספר ביוגרפי אודות אברהם לינקולן. בתגובה ספילברג מיד ציין בפניה שהוא מעוניין בזכויות להפקת העיבוד הקולנועי לספר. העסקה הושלמה מול אולפני דרימוורקס בשנת 2001, ולקראת סוף השנה התסריטאי ג'ון לוגן חתם על עסקה שבמסגרתה הוא יכתוב את התסריט לסרט. הטיוטה של התסריט שכתב לוגן התמקדה בידידותו של לינקולן עם פרדריק דאגלס. בהמשך המחזאי פול ווב נשכר לשכתב את התסריט. הטיוטה של ווב כיסתה את מלוא כהונתו של לינקולן כנשיא. על אף שהצילומים לסרט היו אמורים להתחיל בינואר 2006, ספילברג החליט לעכב לבסוף את הצילומים בשל חוסר שביעות רצון מהתסריט.
בעקבות כך התסריטאי טוני קושנר החליף את ווב. הטיוטה הראשונית של קושנר הייתה בת 500 עמודים והתמקדה בארבעה החודשים האחרונים בחייו של לינקולן. עד פברואר 2009 הטיוטה של קושנר שוכתבה על מנת שתתמקד בשני החודשים האחרונים בחייו של לינקולן, בתקופה בה הוא התמקד באימוץ התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית.[1]
במאי 2008 ציין ספילברג לראשונה כי בכוונתו להתחיל לצלם את הסרט בתחילת 2009, על מנת שהסרט יופץ בנובמבר 2009.
השחקן ליאם ניסן, אשר עבד בעבר עם ספילברג בסרט רשימת שינדלר, לוהק במקור לגלם את דמותו של לינקולן בינואר 2005. אף על פי כן, ביולי 2010, ניסן החליט לסגת מהפרויקט, משום שלדעתו הפך זקן מדי לתפקיד. בנובמבר 2010, הוכרז כי דניאל דיי-לואיס יחליף את ניסן בתפקיד.
