ביום הכניעה מינה טרומן את הגנרל דאגלס מקארתור כמפקד העליון של כוחות הברית כדי לפקח על הכיבוש היפני. פקידים יפניים יצאו למנילה ב-19 באוגוסט על מנת לפגוש את מקארתור ולהתעדכן בתוכניות הכיבוש. ב-28 באוגוסט 150 אמריקאים טסו לאטסוגי (אנ') שבמחוז קנאגאווה, והיו לכוחות בעלות הברית הראשונים על אדמת יפן. אחריהם הגיעה הספינה מיזורי, שהנחיתה את הדיוויזיה ה-4 על החוף הדרומי של קנאגוואה. כוחות אחרים של בעלות הברית הגיעו לאחר מכן.
מקארתור עצמו הגיע לטוקיו ב-30 באוגוסט, ומיד קבע כמה חוקים: אסור שיהיה קשר אישי בין אנשי בעלות הברית לבין היפנים; אסור לאנשי בעלות הברית להתקיף יפני; ואסור לאנשי בעלות הברית לאכול מהמזון היפני, בשל המחסור במזון ביפן.
ב-2 בספטמבר יפן נכנעה באופן רשמי, כשהיא חותמת על מסמך כניעה, והכיבוש החל. כוחות בעלות הברית (בעיקר אמריקאים) פיקחו על המדינה. הגנרל מקארתור היה אמור להעביר את סמכויותיו למועצה מייעצת שנוסדה על ידי בעלות הברית, אך למעשה הוא עשה הכול בעצמו. המשימה החשובה ביותר מבחינתו הייתה לארגן מערכת להפצת מזון; לאחר ההתמוטטות של הממשלה וההרס של רוב הערים הגדולות, כמעט כולם היו במצב של רעב.
לאחר שמערכת הפצת המזון הייתה במקומה, בעלות של מיליון דולר ליום, מקארתור היה צריך לקבל את תמיכתו של הירוהיטו. שני האישים נפגשו בפעם הראשונה ב-27 בספטמבר; התצלום של שניהם יחד הוא אחד מהמפורסמים ביותר בהיסטוריה היפנית. לאחר שקיבל את תמיכתו של הקיסר היפני, למקארתור היו הכלים להם נזקק על מנת להתחיל בעבודה האמיתית של הכיבוש. בזמן שמנהיגים פוליטיים וצבאיים אחרים רצו להעמיד את הירוהיטו לדין כפושע מלחמה, מקארתור טען כי כל תביעה תהיה מאוד לא פופולרית בקרב העם היפני.
עד סוף 1945, יותר מ־350,000 אמריקאים כבר היו מוצבים ביפן.
הכוח הבריטי ביפן, שהיה מורכב מאוסטרלים, בריטים, הודים וניו זילנדים הגיע ב-21 בפברואר1946. בזמן שהכוחות האמריקאים היו אחראים על הממשל הצבאי הכולל, הכוח הבריטי היה אחראי על פיקוח על פירוק הצבא ותעשיות הנשק היפניות. הבריטים גם היו אחראים על כמה מחוזות מערביים, ובסיסם היה בקורה. בשיאו, הכוח מנה כ־40,000 איש. בשנת 1947, הבריטים החלו לצאת מיפן, והם סיימו את ענייניהם שם באופן רשמי ב־1951.
הישגי הכיבוש
פירוק הנשק
זמן קצר לאחר הגעתו, מקארתור הורה כי על כל היפנים לוותר על הקטאנה והואקיזאשי (החרב הקצרה והארוכה של הלוחם היפני) שלהם; שבעה טון של חרבות הוחרמו ונשלחו לסן פרנסיסקו. הצבא והצי פורקו, אמצעי הלחימה הושמדו ומשרדי הצבא פעלו לשחרור חיילים. מקארתור גם הוסיף "פסקת שלום", סעיף 9 בחוקה היפנית החדשה, שאסרה על יפן באופן מפורש להשתתף במלחמה. היא גם הגבילה את הוצאות הביטחון של יפן ל־1% מתקציבה, על מנת למנוע מיפן להיעשות לכוח צבאי תוקפני (אם כי בשנת 2004 הייתה תנועה פעילה לבטל את הפסקה הזו). בנוסף אסר מקארתור על כל אימון באמנויות הלחימה במדינה.
ליברליזציה
כוחות הברית פירקו את ה"זאיבצו" (חברות משפחתיות גדולות) היפניים, מאחר שהייתה תפיסה לפיה הם דחפו את יפן למלחמה, כדי להגביר את מכירות הנשק, ושבגלל האופי המונופוליסטי שלהם נבלמה הדמוקרטיה. המפעלים שנותרו על כנם הוסבו לתעשייה אזרחית בבעלותם של קואופרציות מגוונות שלבסוף התאחדו למה שהיום ידוע כקיארטסו(אנ').
דמוקרטיזציה
במהלך הראשוני טוהר מנגנון השלטון היפני. כל בעלי התפקידים הבכירים בזמן המלחמה פוטרו ב-1946, מקארתור השלים חוקה חדשה, נוסח ארצות הברית, שלמעשה אושרה כתיקון לחוקת מייג'י הישנה, שהייתה בסגנון פרוסי. החוקה החדשה הבטיחה חירויות בסיסיות ואזרחיות, כגון: חופש הביטוי וחופש ההתאגדות, ביטלה את האצולה, וחשוב מכל – עשתה את הקיסר ל"מנהיג רוחני" של יפן, ולקחה ממנו כמעט את כל הכוחות הפוליטיים שלו. דת השינטו בוטלה כדת מדינה, והנצרות הופיעה שוב באופן גלוי בפעם הראשונה זה עשורים רבים. נשים קיבלו את זכות הבחירה, ובאפריל של אותה השנה, 14 מיליון השתתפו בבחירות בהן נבחר ראש ממשלתה הראשון של יפן, שיגרו יושידה.
על מנת למנוע את חדירת הקומוניזם, סייעו האמריקנים בבניית הממסד הפוליטי. כמעט באופן מיידי חזרו לפעילות המפלגות הוותיקות, שפורקו ב-1940. הותרה אף פעילותה של המפלגה הקומוניסטית, בה ראו כמשקל נגד לתנועות הלאומניות.
איגודי עובדים
נושא זה היה אחד מהבעיות הגדולות של הכיבוש, מאחר שהקומוניזם נעשה פופולרי יותר ויותר בין העובדים היפניים העניים בעשורים האחרונים. בפברואר 1947, העובדים ביפן התכוננו להכרזת שביתה כללית, בניסיון להשתלט על המפעלים שלהם; מקארתור הזהיר כי הוא לא יתיר לשביתה כזו להתקיים, והאיגודים לבסוף ויתרו, מה שהוריד מכבודם והביא לשקט מצידם לשאר תקופת הכיבוש.
רפורמה בחינוך
לפני ולאחר המלחמה, החינוך היפני היה מבוסס על המערכת הגרמנית, עם גימנסיומים ואוניברסיטאות שהכשירו את התלמידים לאחר בית הספר התיכון. מקארתור שינה את מערכת החינוך כך שתדמה יותר לזו של ארצות הברית: הונהגה שיטת החינוך של 3-3-6; 6 שנים בית ספר יסודי, 3 שנים חטיבות ביניים ו-3 שנים תיכון. בנוסף הורחב חינוך החובה מ-8 שנים ל-9, ואז חטיבת הביניים היא חובה ואילו התיכון אופציונלי. במקביל, עם התרחבות החינוך, הוחלט כי בכל מחוז תהיה לפחות אוניברסיטה ממשלתית אחת, החלטה שהעלתה את מספר האוניברסיטאות ביפן במאות אחוזים. ההכרזה האימפריאלית על החינוך בוטלה, ומערכת האוניברסיטאות האימפריאלית אורגנה מחדש. ארגון המורים פורק ופוטרו כל המורים שנחשדו בלאומנות. כל החומר הלאומני הוצא מתוכנית הלימוד, ובמקומו הוכנסו שיעורי דמוקרטיה ולימודי המערב.[1] כמו כן נאסר שימוש בסמלי לאום כגון: דגל, המנון ותמונת הקיסר. אפילו היפנית הכתובה שונתה מאד: נבחרו הטויו קאנג'י, מקדימיהם של הג'ויו קאנג'י של היום, וחוקי הלשון שונו מאוד על מנת לשקף את השימוש הרווח בדיבור.
רפורמה אגררית
מקארתור ראה כיצד התמרמרות האיכרים הסינים מעניקה כוח והשפעה לקומוניסטים, ועשה ככל שביכולתו למנוע מצב דומה ביפן. ראשית, הוא הזמין משלוחי מזון מארצות הברית על מנת למנוע תסיסה חברתית הנובעת מרעב. שנית, ב-1946 התקבל חוק, לפיו האיכרים הורשו להחזיק קרקעות, ושאסר על אנשים שאינם חקלאים להחזיק אדמה. בנוסף, נאסר על אנשים להחזיק קרקע של למעלה מ-30 דונם. את הקרקעות העודפות מכרה הממשלה בזול לאיכרים עניים בריבית נמוכה, ובכך איפשרה להם להיות בעלי אדמה ולהתפרנס בכבוד. כך הפכו האיכרים ממעמד ממורמר, למעמד בעל רכוש המעוניין לשמר את מצבו.
הבאה לדין של מנהיגי המלחמה
המנהיגים שהצעידו את יפן למלחמה נשפטו כפושעי המלחמה. הוקם בית הדין הבינלאומי הצבאי למזרח הרחוק באיצ'יגאייה, על פי הדגם של בית הדין של נירנברג. מתוך 28 הנאשמים שניים, מאטסואוקה יוסוקה ונאגנו אוסמי, מתו במהלך המשפט, אחד, אוקאווה שומיי, הוכרז כבלתי שפוי ושוחרר מבית הדין, 25 הורשעו, כאשר שבעה מהם נידונו למוות.[2] ביניהם הגנרל טוג'ו, ראש הממשלה ברובה של תקופת המלחמה. ההוצאה להורג נערכה ב-23 בדצמבר1948, יום הולדתו ה-15 של יורש העצר דאז, אקיהיטו. לאחר שמנהיגים אלה הוצאו מהשורות, דור חדש של פקידים צעירים היו מוכנים לקחת פיקוד על המדינה.
מלבד למשפטים שנערכו בטוקיו, ברחבי מזרח אסיה נערכו משפטים לאלפי אנשי צבא יפנים, בעיקר סוהרים במחנות שבויים, וכ-700 מהם הוצאו להורג.
סוף הכיבוש
בשנת 1949, חתם הגנרל מקארתור על שינוי רחב במבנה הכוח של שלטון הכיבוש שהגדיל מאוד את הכוח של המנהיגים המקומיים, ועם העברת תשומת הלב שלו (ושל הבית הלבן) למלחמת קוריאה, הכיבוש החל להתקרב לסיומו. חוזה סן פרנסיסקו, שנחתם ב-8 בספטמבר1951, ציין את סופו של כיבוש בעלות הברית, וכאשר הוא נכנס לתוקף ב-28 באפריל1952, יפן הייתה שוב למדינה עצמאית. אף על פי כן, אלפי אנשי צבא אמריקנים נותרו ביפן בעשורים הבאים.
תגובה תרבותית
הביטוי "שיקאטה גה נאי" ("אין מה לעשות") ציין בעיתונות האמריקאית והיפנית את קבלת הגורל הכללית של היפנים לתנאים הקשים שתחתם חיו בתקופת הכיבוש.
