ב-18 בינואר1992 כוננו שתי המדינות יחסים דיפלומטיים, אחרי שקרואטיה זכתה בעצמאות מיוגוסלביה. בשנת 1992 הכירה הונגריה בעצמאות קרואטיה יחד עם שאר הקהילה הכלכלית האירופית, וצידדה גם בקרואטיה במהלך מלחמת העצמאות של קרואטיה. בשנת 2012 מחזור הסחר בין המדינות הסתכם בכמיליארד דולר, בעיקר מיצוא הונגריה לקרואטיה. תיירים הונגריים תורמים תרומה משמעותית למגזר התיירות הקרואטי: בשנת 2009 ביקרו בקרואטיה 323,000 אזרחים הונגרים, כולל ראש הממשלה ויקטור אורבן. קרואטיה והונגריה חתמו על 96 הסכמים בילטרליים, והן חברות נאט"ו והאיחוד האירופי.