האירי הראשון אשר הניח את כף רגלו על חופי יפן ביולי1704 הוא רוברט ג'אנסן, מלח ומגלה ארצות אשר הגיע לקיושו. ג'אנסן ברח מחברת הודו המזרחית ההולנדית עם חמישה אנשים בסירה קטנה כאשר הוא מקווה להגיע לגואנגג'ואו שבסין. כשהגיעו ליפן נחשדו ג'אנסן וחבריו למסע כמיסיונרים פורטוגליים והוחזקו ביפן עד נובמבר באותה השנה. ג'אנסן וחבריו שוחררו והצטרפו לאונייה הולנדית שהגיעה לג'קרטה שבאינדונזיה.[1]
הקשר הראשון בין יפן לאירלנד בדרג הלאומי נוצר בדצמבר1872 כאשר חברים במשלחת איוואקורה נסעו לדבלין. המאורע הפך לסמל לפיתוח היחסים שבין שתי המדינות.[2] במהלך תקופת מייג'י היגרו ליפן אירלנדים רבים. רובם בחרו להישאר ביפן גם בתקופת מלחמת העולם השנייה וחלקם השתקעו שם.[1]
במרץ1957 כוננו אירלנד ויפן יחסים דיפלומטיים רשמיים ומלאים כאשר יפן הייתה המדינה הראשונה ממזרח אסיה שכוננה יחסים עם אירלנד.[2] עוד באותה השנה שלחו שתי המדינות שגרירים לבירות האחת של השנייה. בשנת 1964 שדרגה יפן את מעמד הלשכה שלה בדבלין לשגרירות. בשנת 1973 נפתחה לראשונה השגרירות האירית ביפן.[3] בספטמבר 1983 היה הנשיא פטריק הילרי האדם האירי רם הדרג הראשון שביקר ביפן.[2] בשנת 1985 ביקרו באירלנד נסיך הכתר אקיהיטו ונסיכת הכתר מיצ'יקו. הזוג המלכותי חזרו כקיסר וקיסרית בשנת 2005.[3] ביוני2013 הפך שינזו אבה לראש הממשלה היפני הראשון שביקר באירלנד.[4]
שתי האומות חולקות דעות משותפות במגוון רחב של נושאים ומשתפות פעולה בהצבעות בארגון האומות המאוחדות.[2] בשנת 2017 חגגו שתי המדינות 60 שנים של יחסים משותפים.[5]