רוב סרטיו התיעודיים של שמיר עוסקים בנושאים שנויים במחלוקת. בסרטו "מחסומים" (2003) הוא הראה את מערכת היחסים בין חיילי צה"ל לבין התושבים הפלסטינים במחסומים בשטחים; ב"חמישה ימים" (2006) ליווה את תהליך ההתנתקות מרצועת עזה; ב"פליפ" (2008) עקב אחרי מטיילים ישראלים בהודו שנפגעו נפשית בעקבות שימוש בסמים; וב"השמצה" (2009) בדק את האופן שבו ישראל וארגונים יהודיים משתמשים בטענות על אנטישמיות ובזיכרון השואה כדי לגרוף הון פוליטי[3].
סרטיו של שמיר זכו להערכה והכרה בינלאומית. בין השאר, הבמאי מייקל מור אמר על סרטו "השמצה" כי הוא "סרט נועז ואמיץ", וניק ברומפילד ציין שזה "סרט פנטסטי, שעושה בדיוק מה שסרט דוקומנטרי במיטבו יכול לעשות". שניהם גם תרמו כספים להפקת הסרט "10% - מה הופך אדם לגיבור" ומור השתתף בהפקתו[6].
