בשנת 2012 פעל הוועד נגד ההכרה באוניברסיטת אריאל בשומרון כאוניברסיטה, אך עמדתו לא התקבלה.[2] בשנת 2018 פעל הוועד למניעת הקמתה של פקולטה לרפואה באוניברסיטת אריאל, אך נכשל.[3] תחילה, במשך עשור, לא קיבל הוועד לשורותיו את אוניברסיטת אריאל,[4] אך החלטה זו התבטלה ביוני 2022.[5] בשנת 2018 יצא הוועד נגד הקוד האתי לאוניברסיטאות שגובש במועצה להשכלה גבוהה,[6] ובאותה שנה יצא גם הוועד נגד ההחלטה לאפשר למרכז הבינתחומי הרצליה (כיום אוניברסיטת רייכמן) לפתוח מסלול לתואר דוקטור למשפטים.[7]
הוועד נמנע מלצרף את אוניברסיטת אריאל לוועד ולשיתופי הפעולה הבין-אוניברסיטאיים המתקיימים דרכו, כדוגמת מרכז החישובים הבינאוניברסיטאי, ועד שנת 2020 הצליח למנוע מינוי נציג של אריאל לוועדה לתכנון ולתקצוב,[8] אך בשנת 2022 החליט הוועד על צירופה של אוניברסיטת אריאל, בין היתר בשל חוות דעת משפטית הקובעת כי חבריו לא יהיו חשופים לחרמות בינלאומיים עקב צירוף אוניברסיטת אריאל לשורותיו.[5]